オペレーティングシステム依存

各種の操作をするとき，使用するコンピュータによってその詳細は違う．しかし，Mathematica は統一設計されているので，その中ではオペレーティングシステム環境の違いを気にせずに計算や文書の作成を進めることができるようになっている．

特定のコンピュータシステムに対応した Mathematica では，その環境の持つ特色を活かすためユーザインターフェースの構成が微妙に違ったり，操作性が多少異なることがある．ここで重要なことは，このような表面的な違いを越えた部分で Mathematica がコンピュータシステムによらず全く同じように動作をするということである．

コンピュータシステムに依存しない Mathematica の要素

使うコンピュータシステムが何であっても，カーネルに与えるコマンドは常に同じである．つまり，1つのコンピュータで作成した Mathematica のプログラムは，別機種のコンピュータに持っていっても，そこで Mathematica が動作する限り確実に機能する．

ノートブックに関しても基本構成はコンピュータシステムによらず全く同じである．したがって，あるコンピュータで作成したノートブックは，全く別機種のコンピュータに持っていってもすぐに使える．

コンピュータシステムに依存したインターフェース要素

Mathematica ノートブックの基本構造は常に同じであるが，コンピュータシステムに依存してノートブックの見た目や機能の操作法に表面的な違いがある．

このような機種依存の残る理由は，ユーザの使い慣れたオペレーティングシステム環境にできるだけ特化した形でノートブック機能を提供することを，インターフェース設計の指針に据えたからである．

また，ノートブックは詳細な面でオペレーティングシステム環境に特化して作られているので，同じコンピュータで動作する外部プログラムとノートブックの間でデータを交換することが簡単にできる．

Mathematica のシステム設計にモジュール構成を採用したために可能になったことがある．それは，ローカルコンピュータで1つのモジュールを動かし，ネットワーク接続したリモートコンピュータで他のモジュールを動かすというようなシステム運用の仕方である．これを使いフロントエンドをユーザのコンピュータで起動し，カーネルをリモートコンピュータで動かすというような操作が難なくできる．

カーネルとフロントエンドの間で行われる通信は MathLink により処理される．