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Mathematica セッション
コマンドラインオプションと環境変数
| -pwfile | Mathematica パスワードファイル |
| -pwpath | Mathematica パスワードファイルサーチパス |
| -run | 起動する Mathematica 入力（カーネルのみ） |
| -initfile | Mathematica 初期化ファイル |
| -initpath | 初期化ファイルサーチパス |
| -noinit | 初期化ファイルを使用しない |
| -mathlink | MathLink を通してのみ通信 |
Mathematica 実行プログラムの通常のコマンドラインオプション
ノートブックファイルをコマンドラインの引数として用い，Mathematica フロントエンドを起動した場合は，そのノートブックが最初に選択されたノートブックとなる．その他の場合は新たなノートブックが作成される．
Mathematica カーネルおよびフロントエンドは，特定のウィンドウ環境でのみ有効なコマンドラインオプションを付け加えることが可能である．
| MATHINIT | Mathematica フロントエンドのコマンドラインオプションの環境変数 |
| MATHKERNELINIT | Mathematica カーネルのコマンドラインオプションの環境変数 |
| MATHEMATICA_BASE | $BaseDirectoryの設定 |
| MATHEMATICA_USERBASE | $UserBaseDirectoryの設定 |
Mathematica はオペレーティングシステムの環境変数の値を読み，その値をコマンドラインオプションとして用いる．
初期化
Mathematica カーネル起動直後，以下の事項が実行される．
オプションでカーネルへ渡された Mathematica コマンドの実行．
での Mathematica コマンドの実行．
での Mathematica コマンドの実行．
および
のロード．メインループ
Mathematica セッションはすべて以下のメインループを繰り返し実行する．
MathLink を通して Mathematica を外部プログラムから呼ぶ場合は，通常，上記とは異なる特別のメインループを作成する必要がある．
メッセージ
Mathematica セッション中，メッセージはMessageの明示的な呼出しにより生成されるか，他の組込み関数実行中に生成される．
| f::name::lang | 特定言語でのメッセージ |
| f::name | デフォルトの言語でのメッセージ |
| General::name | 与えられた名前での一般メッセージ |
メッセージの言語が指定されていない場合，$Languageで指定された言語によるメッセージテキストを探す．
が定義されていない場合はGeneral::name での定義を使用する．それでもメッセージが見付からない場合，$NewMessageで定義された値が 
および
に適用される．
Quiet[expr]は評価中にメッセージが出力されないようにしたままで expr を評価する．Off[message]により特定のメッセージを表示しないようにできる．Checkの実行で，特定のメッセージが式評価中に生成されたかどうかが分かる．$MessageListとMessageList[n]は，Mathematica セッションで指定された行の評価中に生成されたすべてのメッセージを記録する．
メッセージはStringFormの最初の引数に使われる文字列として指定される．$MessagePrePrintは文字列に変換される各式に適用される．
終了
| Exit[] または Quit[] | Mathematica を終了する |
| $Epilog | Mathematica が終了する前に評価するシンボル |
| $IgnoreEOF | ファイル末尾記号を受け取った時点でインタラクティブな Mathematica セッションを終了するかどうか |
| end.m | Mathematica が終了したときに読み込むファイル |
Mathematica セッションを終了するにはいくつかの方法がある．Mathematica をインタラクティブに使っている場合は，入力行にExit[]かQuit[]をタイプすると Mathematica が終了できる．
ファイルから Mathematica への入力を取っている場合，ファイルの最後に達した時点で Mathematica は終了する．Mathematica をインタラクティブに使っている場合でも，Mathematica がファイル末尾文字（通常Ctrl+d）を受け取ると終了する．これで Mathematica が終了しないようにするには，$IgnoreEOF=Trueと設定するとよい．
ネットワークライセンス管理
Mathematica は単一マシン上で，あるいはネットワークライセンスとして起動設定が可能である．ネットワークライセンスは
ファイルの中の!name で始まる行に示されている．name とは，ネットワークライセンスのサーバマシン名である．
ネットワークライセンスは Mathematica ライセンス管理プログラムである
で管理されおり，これはサーバマシン上で起動する．このプログラムはネットワークライセンスで Mathematica が使用されている間は常に作動している必要がある．通常はシステムが起動するたびに
が自動的に実行するよう，システムを設定しておいた方がよい．
Microsoft Windows上でのネットワークライセンスマネージャの起動方法
UnixまたはMacintosh上でのネットワークライセンスマネージャの起動方法
をコマンドラインから直接起動しなければ，通常はバックグラウンドプロセスとなり，強制終了されるまで連続して作動する．すでに
プロセスが動作している場合は，別の
プロセスを起動しようとしても自動的に終了する．
| -logfile file | ライセンスサーバのアクションのログを file に書く |
| -loglevel n | ログに記録される情報量のレベルを示す（1から4まで） |
| -logformat string | string で指定されたログ形式を使う |
| -language name | メッセージで使われる言語（デフォルト ） |
| -pwfile file | 指定された ファイルを使用する（デフォルト値では ） |
| -timeout n | n 時間経過した中断されている Mathematica ジョブの終了を許可する |
| -restrict file | 指定された制限ファイルを使用する |
| -mathid | ライセンスサーバのMathIDを出力して終了する |
| -foreground |  がフォアグラウンドで起動した状態で に出力する |
| -install |  をWindowsのサービスに加える（Microsoft Windows版のみ) |
| -uninstall |  をWindowsのサービスから削除する（Microsoft Windows版のみ) |
についてのより詳しい情報は，「Mathematica システム管理」を参照のこと．
がWebブラウザをスタートできる環境で実行されている場合は，自動的にHTML出力がブラウザに生成される．その他の場合はテキストが生成される．
