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システム規模のデフォルト
複数のユーザが起動できるような場所（例えば，ファイルサーバ上，またはマルチユーザマシン）に Mathematica がインストールしてある場合は，Mathematica フロントエンドとカーネルのシステム規模のデフォルトを設定することができる．これは Mathematica をコンピュータラボや授業で使うときに理想的な設定である．ネットワーク上で$BaseDirectoryディレクトリを共有している場合は，共有された$BaseDirectoryを使うローカルインストールにもこのデフォルトが影響する．
以下のパス名では，変数$BaseDirectoryと$UserBaseDirectoryをシステムの適切なディレクトリで置き換えること．場所が知りたいときは，Mathematica ノートブックでコマンド$BaseDirectory（あるいは$UserBaseDirectory）を評価するとよい．
フロントエンドの環境ファイルを設定する
1. Mathematica を起動して，必要なフロントエンドの変更を加える．例えば，デフォルトのファイルの場所，言語設定，メニュー設定等が変更できる．
3. $UserBaseDirectory\FrontEnd\init.mファイルを$BaseDirectory\FrontEndディレクトリにコピーする．
これで，ユーザの$UserBaseDirectory\FrontEndディレクトリに保存されたローカルのinit.mファイルでオーバーライドされない限り，この設定がフロントエンドで使われるようになる．
カーネルの環境ファイルを設定する
1. Mathematica を起動して，新規ファイルを作成する．
2. 起動時に評価する Mathematica コマンドを加える．例えば，関数の定義を加えたり，起動時にメッセージを表示したりするもの等がある．コマンドはすべてセミコロンで区切って同一セルの中に入れる．
3. このセルのセルブラケットを選び，セル ► セルのプロパティ ► 初期化セルを使って，セルを初期化セルにする．
4. ファイル ► 保存でファイルの種類ポップアップメニューからMathematicaパッケージを選び，ファイルを$BaseDirectory\Kernel\init.mとして保存する．
このコマンドは，ユーザが Mathematica を起動すると評価される．関数定義を加えたら，その関数はすべてのユーザが使えるようになる．
作成したシステム規模のデフォルトを新しくローカルにインストールしたものにも適用したい場合は，インストールスクリプトに行を追加して，新しいインストールの一部として設定済みのinit.mファイルをコピーすることができる．インストールスクリプトについての詳細は，「Mathematica のインストール」を参照のこと．システム規模のデフォルトをコピーするためには，mathpassファイルをコピーする行と同様の行をスクリプトに加える．
