化学和生物分子格式

Wolfram 语言能导入和导出在化学、分子生物学和生物信息学中常用的标准格式,还可处理所有的分子类型和基因组大小的数据集.

化学格式

"XYZ" — XYZ 分子几何文件 (.xyz)

"MOL" — MDL MOL 格式 (.mol)

"MOL2" — Tripos MOL2 格式 (.mol2)

"SDF" — MDL SDF 格式 (.sdf)

"SMILES" — SMILES 化学格式 (.smi)

"HIN" — HyperChem 分子数据格式 (.hin)

"CML" — 化学标记语言 (.cml)

"CDX" — ChemDraw 交换格式 (.cdx)

"CDXML" — ChemDraw 交换 XML 格式 (.cdxml)

"Cube" — 高斯立方文件 (.cub)

"FCHK" — 格式化的检查点文件 (.fchk)

"GaussianLog" — 高斯日志文件 (.log)

"JCAMP-DX" — 化学光谱格式 (.jdx, .dx, .jcm)

生物信息学格式

"GenBank" — NCBI GenBank 序列格式 (.gb, .gbk)

"FASTA" — DNA、RNA 和氨基酸序列格式 (.fasta, .fa, .fsa, .mpfa)

"FASTQ" — 具有基本质量的 DNA 和 RNA 序列格式 (.fastq, .fq)

"NEXUS" — NEXUS 种系(phylogenetic)数据格式(.nex, .ndk)

"AgilentMicroarray" — 微阵列(microarray)数据格式 (.txt)

"Affymetrix" — 微阵列(microarray)数据格式 (.cel, .cdf, .chp, .gin, .psi)

"SFF" — DNA 序列的 flowgram 格式 (.sff)

分子生物学格式

"PDB" — 蛋白质数据银行格式 (.pdb)

"MMCIF" — MMCIF 3D 分子模型格式 (.cif)

"MMJSON" — MMJSON 3D 三维分子模型格式 (.json)

"FCS" — 流式细胞计量数据格式 (.fcs, .lmd)

普通元素

"Molecule" — 分子模型的符号表示

"StructureDiagram" — 化学结构图解

"Graphics3D" — 3D 分子图形

"VertexCoordinates" — 原子的 3D 坐标轴

"Sequence" — 以对或氨基酸为基础的序列

"Elements" — 所有可用元素