分子の構造と計算
この分野の概要Moleculeは化学種の記号表現で，Wolfram言語において完全に計算可能な最重要要素の一つである．ユーザは20以上の新関数を使って，化学種を作成，分析，変更することができる．立体化学，対称元素，分子グラフ，分子力学エネルギー等の幅広い計算された特性を利用すると，あらゆる化学の分野での問題解決が容易になる．有機・無機の命名法のサポートが組み込まれているため，化学名から分子オブジェクトが素早く作成できる．MoleculeはGraph等の既存の機能にシームレスに組み込まれおり，今までにない計算が可能である．
分子の記号表現
Molecule — 原子と結合，名前，またはSMILES文字列で指定された分子
BioMolecule — ペプチド，DNA，RNAのいずれかからなる大きな生体高分子
ChemicalFormula — 化学式の記号表現
MoleculePattern — 分子の下部構造を表す記号的パターンあるいはSMARTSパターン
Atom — 分子内の原子の記号表現
Bond — 単結合，二重結合，芳香環等の記号表現
分子のオプション
IncludeHydrogens — 飽和していない原子価に水素原子を暗示的に加えるかどうか
StereochemistryElements — 原子の局所的立体化学的配置を指定する
AtomCoordinates — 分子内の原子の3D座標を明示的に指定する
AtomDiagramCoordinates — 図で使用する2D座標を明示的に指定する
IncludeAromaticBonds — 芳香結合を含むか，あるいは単・二重結合を使用するか
分子の構造
AtomList ▪ AtomCount ▪ BondList ▪ BondCount ▪ BondQ
MoleculeQ — 有効な分子であるかどうかを検証する
BioMoleculeQ — 有効な生体分子であるかどうかを検証する
ChemicalFormulaQ ▪ MoleculePatternQ
分子の可視化
MoleculePlot — 自動配置による注釈付け可能な2D分子構造図
MoleculePlot3D — 座標の自動生成が可能な分子の3D描画
MoleculeMesh — 分子あるいは生体分子の3D境界メッシュ表現
BioMoleculePlot3D — 生体分子をリチャードソンダイアグラムとして表示する
Style — 分子の部分構造にハイライトとその他のスタイルを指定する
RGBColor ▪ Opacity ▪ EdgeForm ▪ FaceForm ▪ ...
PlotTheme — 全体的な外観を指定する（"SpaceFilling"，"BallAndStick"，"Tubes"，...)
分子のグラフ
MoleculeGraph — 分子の注釈付きグラフを得る
ConnectedMoleculeQ — 単共有結合であるかどうか検証する
ConnectedMoleculeComponents — 独立した共有結合のリストを与える
FindCycle ▪ FindPath ▪ FindHamiltonianPath ▪ ...
分子認識
MoleculeRecognize — 画像から分子を認識する
MoleculeName — 分子の名前を求める
FindIsomers — 同じ化学式での分子を求める
MoleculeDraw — 分子をフリーハンドで描き，それを解釈する
分子特性の計算
MoleculeValue — 分子の構造的な，または計算された特性を求める
MoleculeProperty — 分子の特性の記号表現
BioMoleculeValue — 生体分子の特性を求める
分子の比較と部分構造
MoleculeMatchQ — 分子があるパターンまたはほかの分子にマッチするかどうかを検証する
MoleculeContainsQ — 分子が指定の構造を含んでいるかどうかを検証する
MoleculeFreeQ — 分子が指定の構造を含んでいるかどうかを検証する
MoleculeSubstructureCases — 分子に発生するすべてのパターンを与える
MoleculeSubstructure — 分子内の部分構造の記号的表現
FindMoleculeSubstructure — 分子内のある部分構造の発生場所を求める
MoleculeSubstructureCount — 分子の部分構造の発生回数を数える
MoleculeMaximumCommonSubstructure — 分子に共通する部分構造を特定する
分子の編集
MoleculeModify — 既存の分子を編集して新しい分子を作成する
MoleculeAlign — 分子を3Dで整列させる
BioMoleculeAlign — 生体分子を3Dで整列させる
ValenceErrorHandling — 分子を編集した際の価数の誤りの扱い方
化学反応
ChemicalReaction — 化学反応の記号表現
ReactionBalance — 化学反応のバランスをとる
ReactionBalancedQ — 化学反応が釣り合っているかどうかをチェックする
PatternReaction — 分子パターン間の反応の記号的表現
ApplyReaction — パターン反応を分子に適用する
ChemicalReactionQ ▪ PatternReactionQ
化学量
ChemicalInstance — 化学物質の量の記号的表現
ChemicalConvert — 異なる化学量間で変換する
Import，Export — 分子構造をインポートおよびエキスポートする
"MOL" ▪ "MOL2" ▪ "SDF" ▪ "XYZ" ▪ "Cube" ▪ "PDB" ▪ "GaussianLog"
既知の化学物質と特性
PeriodicTablePlot — 元素の周期表の可視化を作成する
Chemical — 既知の化学物質とその特性
外部サービス
ServiceConnect, ServiceExecute — 外部サービスに接続する
"PubChem" ▪ "ChemSpider" ▪ "RCSBProteinDataBank" ▪ "ESMAtlas" ▪ "EncyclopediaOfDomains" ▪ "CATHDatabase"
分子力学
NBodySimulation — 任意のポテンシャルでの標準的な n-体シミュレーション