分子结构与计算
主题概览Molecule 是化学物种的符号表示，是 Wolfram 语言完全可计算的第一类成员新函数允许用户创建、分析和修改化学物种. 广范围的计算属性例如，立体化学、对称元素、分子图和分子力学能有助于解决所有化学学科问题. 对有机和无机命名法的内置支持允许根据化学名称快速创建分子对象. Molecule 无缝折叠进存在的功能，例如， Graph，以实现新颖计算.
符号式化学表示
Molecule — 由原子和键，名字或 SMILES 字符串指定的分子
BioMolecule — 由肽、DNA 或 RNA 单元组成的大型生物聚合物
ChemicalFormula — 化学式的符号表示
MoleculePattern — 表示分子子结构的符号或 SMARTS 模式
Atom — 分子中一个原子的符号表示
Bond — 单、双、芳香等键的符号表示
分子选项
IncludeHydrogens — 是否对未填充化合价隐式添加氢原子
StereochemistryElements — 指定原子的局部立体化学排列
AtomCoordinates — 明确指定分子中原子的三维坐标
AtomDiagramCoordinates — 明确指定图表中使用的二维坐标
IncludeAromaticBonds — 是否包含芳香键或使用单/双格式
分子结构
AtomList ▪ AtomCount ▪ BondList ▪ BondCount ▪ BondQ
MoleculeQ — 验证是否为有效的分子
BioMoleculeQ — 验证是否为有效的生物分子
ChemicalFormulaQ ▪ MoleculePatternQ
分子可视化
MoleculePlot — 具有自动布局的可注释二维分子结构图
MoleculePlot3D — 允许自动产生坐标的三维分子渲染
MoleculeMesh — 分子或生物分子的 3D 边界网格表示
BioMoleculePlot3D — 用缎带图显示生物分子
Style — 为分子子结构指定突出显示和其他样式
RGBColor ▪ Opacity ▪ EdgeForm ▪ FaceForm ▪ ...
PlotTheme — 指定总体外观 ("Spacefilling", "BallAndStick", "Tubes", ...)
分子图
MoleculeGraph — 获取分子的注释图
ConnectedMoleculeQ — 验证单一共价键结构
ConnectedMoleculeComponents — 给出独立共价键结构列表
FindCycle ▪ FindPath ▪ FindHamiltonianPath ▪ ...
分子识别
MoleculeRecognize — 识别图像中的分子
MoleculeName — 找到分子的名称
FindIsomers — 查找具有同样化学式的分子
MoleculeDraw — 手绘分子草图并诠释之
分子属性计算
MoleculeValue — 查找分子的结构或计算属性
MoleculeProperty — 分子属性的符号表示
BioMoleculeValue — 给出生物分子的属性
分子比较和子结构
MoleculeMatchQ — 测试一个分子是否匹配一个模式或其他分子
MoleculeContainsQ — 验证分子是否包含指定的结构
MoleculeFreeQ — 测试一个分子是否没有指定的结构
MoleculeSubstructureCases — 列出分子中所有出现的某种模式
MoleculeSubstructure — 分子中子结构的符号化表示
MoleculeSubstructureCount — 计算分子子结构的出现次数
MoleculeMaximumCommonSubstructure — 识别分子共有的子结构
修改分子
MoleculeModify — 通过编辑存在的分子创建一个新分子
MoleculeAlign — 在 3D 中对齐分子
BioMoleculeAlign — 在 3D 中对齐生物分子
ValenceErrorHandling — 编辑分子时如何处理价错误
化学反应
ChemicalReaction — 化学反应的符号表示
ReactionBalance — 平衡化学反应
ReactionBalancedQ — 检查一个化学反应是否平衡
PatternReaction — 分子模式间反应的符号表示
ApplyReaction — 将模式反应应用于分子
ChemicalReactionQ ▪ PatternReactionQ
化学量
ChemicalInstance — 化学量的符号表示
ChemicalConvert — 不同化学量间的转换
已知化学品和属性
PeriodicTablePlot — 可视化元素周期表
Chemical — 已知化学品和它们的属性
"MOL" ▪ "MOL2" ▪ "SDF" ▪ "XYZ" ▪ "Cube" ▪ "PDB" ▪ "GaussianLog"
外部服务
ServiceConnect, ServiceExecute — 连接到外部服务
"PubChem" ▪ "ChemSpider" ▪ "RCSBProteinDataBank" ▪ "ESMAtlas" ▪ "EncyclopediaOfDomains" ▪ "CATHDatabase"
分子动力学
NBodySimulation — 带有任意电位的典型 n 体模拟