GenomeLookup

GenomeLookup["seq"]

参照ヒトゲノムにおけるDNA配列 seq と完全にマッチする位置を返す．

GenomeLookup["seq",n]

最高で n 個のマッチを返す．

詳細

  • 配列はA，T，G，C またはA，U，G，Cを含む文字列として表される．
  • GenomeLookup["seq"]が返す位置は{{"chr",strand},{p1,p2}}の形式で与えられる．ただし，"chr"は染色体指定，strand は+1あるいは-1，p1と p2は始まりと終りの位置である．
  • ヒト染色体は"Chromosome1"，"ChromosomeX"，"Mitochondrion"等で指定される．
  • 塩基は指定されたストランドの5'から3'の方向で番号を付けられる．
  • GenomeLookup[spec,"Count"]は完全なマッチの数を返す．

例題

例  (3)

ヒトゲノム上のDNA配列の一部の位置を求める：

マッチする数を得る：

最初の10個のマッチを得る：

Wolfram Research (2008), GenomeLookup, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeLookup.html.

テキスト

Wolfram Research (2008), GenomeLookup, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeLookup.html.

CMS

Wolfram Language. 2008. "GenomeLookup." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeLookup.html.

APA

Wolfram Language. (2008). GenomeLookup. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/GenomeLookup.html

BibTeX

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BibLaTeX

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