ネットワークライセンスを使うと，指定された数のMathematicaがネットワーク上で同時に起動することができるので，複数のユーザが複数のマシンでMathematicaを利用することができるようになる．ネットワークライセンス環境でのMathematicaシステム管理には，2つの異なる要素がある．ひとつはライセンス活動の詳細を扱うMathematicaライセンスマネージャのMathLMをライセンスサーバにインストールするということである．もうひとつは，MathematicaをMathLMのクライアントとしてインストールするということである．

これに対して，シングルマシンライセンスはスタンドアロンのMathematica（ライセンスサーバに接続されていないもの）に対して使用される．詳細はライセンス証書を参照のこと．シングルマシンライセンスの環境では，Mathematicaのシステム管理にはMathematicaのインストールとカスタマイズが必要である．以下は基本的な手順および大きいサイトの管理者用の高度な情報である．