System Modelerは，表データ，シミュレーション結果，シミュレーション設定に以下のカスタムのファイル形式を使う．

CombiTimeTable (.txt) »

ファイルから表データを提供する

ファンクショナルモックアップユニット(FMU) (.fmu) »

ツール間で実行可能モデルを交換する

シミュレーション結果(.mat) »

System Modelerのシミュレーション結果用の形式

シミュレーション設定(.sim) »

シミュレーションにエクスペリメント設定，初期値，パラメータ値を渡す