BioSequenceBackTranslateList

BioSequenceBackTranslateList[bioseq]

ペプチド配列 bioseq の一般化された逆翻訳を与える．

BioSequenceBackTranslateList[bioseq,gtt]

遺伝子翻訳表 gtt を使う．

BioSequenceBackTranslateList[bioseq,gtt,startspec]

bioseq 内の開始アミノ酸を，指定 startspec に従って扱う．

詳細とオプション

  • BioSequenceBackTranslateListは，縮重記号を使って返すリストの大きさを最小にする．
  • 遺伝子翻訳表 gtt は以下のように指定できる．
  • Automatic標準コード（デフォルト）
    "name""GeneticTranslationTable"実体の標準名
    Entity["GeneticTranslationTable",…]"GeneticTranslationTable"実体
    nNCBI遺伝子コード番号
    "AAAA…"長さ64のNCBIアミノ酸翻訳列
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>明示的なコーディング翻訳表
  • 開始コドン指定 startspec は，bioseq 内の最初のアミノ酸に使う翻訳を指定する．startspec が与えられていない場合は，bioseq がタンパク質実体あるいはその他の完全なタンパク質指定である場合にのみ最初のアミノ酸が開始酸として扱われる．
  • startspec の以下の形を使って bioseq 中の最初のアミノ酸の扱い方が指定できる．
  • Automatic完全なタンパク質に対してのみ開始翻訳を使う
    False開始翻訳は使わない
    True開始翻訳を常に使う
  • startspec の以下の追加的な形を使って，遺伝子翻訳表 gtt が意味する指定を無効にする開始コドンの動作が定義できる．
  • nNCBI遺伝子コード番号の開始コドン指定を使う
    "AAAA…"長さ64のNCBI開始コドン翻訳文字列を使う
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>開始コドンの翻訳を明示的に指定する
  • BioSequenceBackTranslateListは次のオプションを取る．
  • MaxItems 10000結果の配列の最大数

例題

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例  (1)

ペプチド配列の一般化された逆翻訳を求める：

結果が単一の縮重配列として表せない場合に複数の逆翻訳を入手する：

スコープ  (6)

"GeneticTranslationTable"実体を使った逆翻訳：

Associationを使って翻訳表を指定する：

任意のNCBI翻訳表を使う：

自動選択した翻訳表の開始翻訳を使う：

開始翻訳を使わない場合との差を観察する：

変更した開始コドンの連想で開始コドンの翻訳を指定する：

NCBI表記を使って開始コドンの翻訳を指定する：

オプション  (1)

MaxItems  (1)

翻訳で返す項目の最大数を選ぶ：

翻訳結果のデフォルト数にはキャップがある：

Infinityを使うとすべての逆翻訳が可能になる：

特性と関係  (1)

BioSequenceBackTranslateListは，少数の縮重記号列を返す：

BioSequenceInstancesを結果にマッピングして具体的な配列を得る：

おもしろい例題  (1)

DNAの表現を符号化する：

Wolfram Research (2020), BioSequenceBackTranslateList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

テキスト

Wolfram Research (2020), BioSequenceBackTranslateList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

CMS

Wolfram Language. 2020. "BioSequenceBackTranslateList." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html.

APA

Wolfram Language. (2020). BioSequenceBackTranslateList. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceBackTranslateList.html

BibTeX

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BibLaTeX

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