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BioSequenceTranslate[bioseq]

DNAまたはRNAの配列 bioseq をペプチド配列に翻訳する．

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt]

遺伝子翻訳表 gtt を使う．

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt,startspec]

bioseq の開始コドンを指定 startspec に従って扱う．

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BioSequenceTranslate

BioSequenceTranslate[bioseq]

DNAまたはRNAの配列 bioseq をペプチド配列に翻訳する．

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt]

遺伝子翻訳表 gtt を使う．

BioSequenceTranslate[bioseq,gtt,startspec]

bioseq の開始コドンを指定 startspec に従って扱う．

詳細

  • 遺伝子翻訳表 gtt は次のように指定できる．
  • Automatic標準コード（デフォルト）
    "name""GeneticTranslationTable"実体の標準名
    Entity["GeneticTranslationTable",…]"GeneticTranslationTable"実体
    nNCBI遺伝子コード番号
    "AAAA…"長さ64のNCBIコドン翻訳文字列
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>明示的なコドン翻訳表
  • 開始コドン指定 startspec は bioseq の最初のコドンにどの翻訳を使うかを指定する．startspec が与えられていない場合は，bioseq が完全なタンパク質に対応すると認識できる場合にのみ最初のコドンが開始コドンとして扱われる．
  • startspec についての次の形を使って bioseq の開始コドンをどのように扱うかが指定できる．
  • Automatic完全なタンパク質についてのみ開始コドンとして扱う
    False開始コドンとしては絶対に扱わない
    True常に開始コドンとして扱う
  • startspec の次の追加的な形を使って，遺伝子翻訳表 gtt で暗に示された指定を上書きする開始コドンの動作が定義できる．
  • nNCBI遺伝子コード番号を開始コドン指定として使う
    "AAAA…"長さ64のNCBI開始コドン翻訳文字列を使う
    <|"cod1""tran1","cod2""tran2",…|>開始コドンの翻訳を明示的に指定する

例題

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例  (1)

DNA配列を対応するペプチド配列に翻訳する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"]]

スコープ  (8)

RNA配列を翻訳する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["RNA", "CUGAUAUAC"]]

"GeneticTranslationTable"実体を使って翻訳する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"], Entity["GeneticTranslationTable", "VertebrateMitochondrial"]]

NCBI遺伝子コード番号に対応する表を使って翻訳する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"], 2]

Associationを使って翻訳表を指定する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"], <|"TTT" -> "F", "TTC" -> "F", "TTA" -> "L", "TTG" -> "L", "TCT" -> "S", "TCC" -> "S", "TCA" -> "S", "TCG" -> "S", "TAT" -> "Y", "TAC" -> "S", "TAA" -> "*", "TAG" -> "*", "TGT" -> "C", "TGC" -> "C", "TGA" -> "W", "TGG" -> "W", "CTT" -> "L", "CTC" -> "L", "CTA" -> "L", "CTG" -> "L", "CCT" -> "P", "CCC" -> "P", "CCA" -> "P", "CCG" -> "P", "CAT" -> "H", "CAC" -> "H", "CAA" -> "Q", "CAG" -> "Q", "CGT" -> "R", "CGC" -> "R", "CGA" -> "R", "CGG" -> "R", "ATT" -> "I", "ATC" -> "I", "ATA" -> "I", "ATG" -> "M", "ACT" -> "T", "ACC" -> "T", "ACA" -> "T", "ACG" -> "T", "AAT" -> "N", "AAC" -> "N", "AAA" -> "K", "AAG" -> "K", "AGT" -> "S", "AGC" -> "S", "AGA" -> "*", "AGG" -> "*", "GTT" -> "V", "GTC" -> "V", "GTA" -> "V", "GTG" -> "V", "GCT" -> "A", "GCC" -> "A", "GCA" -> "A", "GCG" -> "A", "GAT" -> "D", "GAC" -> "D", "GAA" -> "E", "GAG" -> "E", "GGT" -> "G", "GGC" -> "G", "GGA" -> "G", "GGG" -> "G"|>]

任意のNCBI翻訳表を使う：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"], "GGGGEEDDAAAAVVVVRRSSKKNNTTTTMIIIRRRRQQHHPPPPLLLLW*CC**YYSSSSLLFF"]

自動選択された翻訳表の開始翻訳を使用する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["CTGATATAC"], Automatic, True]

変更した開始コドンの連想を使って開始コドンの翻訳を指定する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAC"], Automatic, <|"CTG" -> "R"|>]

NCBI表記を使って開始コドンの翻訳を指定する：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATAG"], Automatic, "GGGGEEDDAAAAVVVVRRSSKKNNTTTTMIIIRRRRQQHHPPPPLLLLW*CC**YYSSSSLLFF"]

アプリケーション  (2)

セレノシステイン(U)とピロリシン(O)への翻訳は，特定の有機体の翻訳システムとは異なる特定の化学的状況でのみ発生する．それらを組込む方法の一つにコドン翻訳の連想を変更することが考えられる：

Wolfram Language code: standardTranslations = Entity["GeneticTranslationTable", "Standard"]["CodonTranslations"]; BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "GGCTGATAGTAA"], AssociateTo[standardTranslations, specialRules = {"TGA" -> "U", "TAG" -> "O"}]]

コード配列を接合した後は，翻訳によってタンパク質と同じ配列が得られる：

Wolfram Language code: hbbBioSeq = BioSequence[Interpreter["Gene"]["human hbb gene"]]; spliced = StringJoin@@StringTake[hbbBioSeq, {{51, 142}, {273, 495}, {1346, 1474}}]; translated = BioSequenceModify[BioSequenceTranslate[spliced, Automatic, True], "DropFromStopLetter"]
Wolfram Language code: targetProtein = BioSequence[Interpreter["Protein"]["hbb"]]
Wolfram Language code: SequenceAlignment[targetProtein, translated]

考えられる問題  (2)

縮重記号を含む入力には，一つに一般化できない複数の翻訳が考えられることがある：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["RNA", "SUGAUAUAC"]]

まずBioSequenceInstancesを使うことで曖昧な結果が避けられる：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate /@ BioSequenceInstances[BioSequence["RNA", "SUGAUAUAC"]]

DNA配列とRNA配列の長さが3の倍数ではない場合は，コドンを構築した後に残った記号が配列の末尾から除かれる：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "CTGATATACGG"]]

おもしろい例題  (2)

翻訳結果のペプチドを見る：

Wolfram Language code: acgt = {"A", "C", "G", "T"}; Graphics3D[Table[aa = BioSequenceTranslate[dna = BioSequence["DNA", StringJoin[acgt[[{i1, i2, i3}]]]]]; mol = If[aa =!= BioSequence["Peptide", "."], Molecule[aa], Null]; molpl = If[aa =!= BioSequence["Peptide", "."], MoleculePlot3D[mol], "STOP"]; Inset[Tooltip[Rasterize[molpl, ImageSize -> 40, Background -> None], Column[{CommonName[Entity["BioSequenceType", "Peptide"]["AlphabetRules"][aa["SequenceString"]]]//Quiet, aa, mol, dna}]], {i1, i2, i3}], {i1, 4}, {i2, 4}, {i3, 4}], Boxed -> False, Axes -> True, AxesOrigin -> {0, 0, 0}, Ticks -> Table[Transpose[{Range[4], Style[#, Bold]& /@ acgt}], {3}]]

DNAに符号化されたフレーズを明らかにする：

Wolfram Language code: BioSequenceTranslate[BioSequence["DNA", "GGAGAAAACGAAACAATATGCAGC"]]
Wolfram Research (2020), BioSequenceTranslate, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

テキスト

Wolfram Research (2020), BioSequenceTranslate, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

CMS

Wolfram Language. 2020. "BioSequenceTranslate." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html.

APA

Wolfram Language. (2020). BioSequenceTranslate. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BioSequenceTranslate.html

BibTeX

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