MoleculeAlign

MoleculeAlign[ref,mol]

参照分子 ref と重ね合せた mol のバージョンを返す．

MoleculeAlign[ref,mol,{r1m1,r2m2,…}]

mol の中のインデックスが miの原子を ref のインデックスが riの原子と重ね合せる．

MoleculeAlign[ref,mol,patt]

分子パターン patt を使って ref と mol の原子マッピングを求める．

MoleculeAlign[ref,{mol1,mol2,…},patt]

moliのそれぞれを ref と重ね合せる．

MoleculeAlign[ref,mols,patt,prop]

分子を重ね合せて配置の特性 prop を返す．

詳細とオプション

  • MoleculeAlignはAtomCoordinatesオプションを明示的に設定したMoleculeオブジェクトを返す．
  • 原子マッピング{r1m1,r2m2,…}は重ね合される原子の部分集合を示す．
  • 共線ではない原子が少なくとも3つマッピングに含まれている場合，重ね合せは一意的になる．共線の原子が与えられると，軸についての向きは定義されない．
  • 原子マッピングが与えられない場合は，mol の部分構造として ref がなければならない．ref が複数回現れると，FindMoleculeSubstructureが見付けた最初の部分構造の一致が使われる．
  • 複数の分子を重ね合せるときは，原子マッピングを{r1{…},r2{…},…}の形で与えることができる．ただし，右辺は重ね合せる各分子の原子インデックスのリストである．
  • 複数の分子は，MethodAutomaticを使って参照分子とペアにして重ね合せることも，Method"JointRMS"でそれぞれと参照分子を一緒に重ね合せることもできる．
  • 立体配座が ref に含まれないときは，重ね合せの前に自動的に生成される．
  • 次は，使用可能なオプションである．
  • Weights Automatic原子的な位置の重み
    Method Automatic使用するメソッド
  • prop は以下のいずれかでよい．
  • "Molecule"重ね合せられた分子
    "Transformation"使用する変換関数
    "Error"重ね合せの二乗平均平方根誤差

例題

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例  (5)

2,3ジヒドロ4キノロンの1つの配座を別の配座に重ね合せる：

水の一つの配座を別の配座と重ね合せる：

座標は，参照と重なるように回転され平行移動されている：

2つの分子を重ね合せる：

2つの分子を明示的な分子のマッピングと重ね合せる：

MoleculePatternを使って2つの分子を重ね合せ，原子のマッピングを判定する：

スコープ  (3)

MoleculeAlignを使っていくつかの配座異性体を重ね合せることができる．方向がランダムのアデノシンの10の配座を生成することから始める：

分子を重ね合せ，一緒に表示する：

パターンを与えて配座のどの部分を重ねるべきかを指定する：

モノテルペンのメントールはセスキテルペンのjujenolの下部構造である：

jujenolとメントールを重ね合せる：

重ね合せた結果を示す：

明示的に指定された原子マッピングを使って環境ホルモンのレスベラトロルをホルモンのエストラジオールと重ね合せる．以下はその分子である：

重ね合せを可視化するための効用関数：

分子を一緒に示す：

フェノール環の炭素原子とレスベラトロルの2つのヒドロキシル酸素原子をA環の炭素原子とエストラジオールの2つのヒドロキシル酸素原子に重ね合せる：

重ね合せた分子を示す：

RMS重ね合せ誤差を計算する：

オプション  (2)

Method  (1)

複数の分子を重ね合せるとき，デフォルトのメソッドは動いている各分子のそれぞれを参照分子と重ね合せる．次はブタンの3つの配座である：

最初のものはアンチ配座を持ち，参照分子の役目をする．残りの2つはゴーシュ配座である．まず，デフォルトのペアごとの方法で重ね合せる：

次は，参照分子からのRMS偏差である：

次に，偏差の二乗の和を最小にすることで分子を同時に重ね合せる：

2番目と3番目の分子は，ペアごとに重ね合せた場合よりもお互いにまた参照分子ともっとうまく重ね合された点に注意のこと．

次はRMS偏差の和である：

Weights  (1)

原子の重みを使って指定した原子が重ね合せにより大きく影響するようにできる．以下で3つの分子を使ってこれを示す：

次は，デフォルトの原子の重みを使った重ね合せである：

2番目の原子の重みを大きくする：

アプリケーション  (2)

スピノロラクトンは，それぞれの天然基質アルドステロンおよびテストステロンとの類似性によって，電解質コルチコイドとアンドロゲン受容器の拮抗薬として作用する薬剤である．スピのラクトン，アルドステロン，テストステロンの分子を生成する：

スピノロラクトンとアルドステロンの構造を重ね合せて一緒に可視化する：

スピノロラクトンとテストステロンの構造を重ね合せて一緒に可視化する：

従来の抗痙攣剤は互いに非常に類似した構造を持つ．次は，従来の高痙攣剤のさまざまなクラスのリストである：

分子を生成してそれぞれについてエネルギー配座が最も低いものを求める：

最小のエネルギー配座を重ね合せる：

異なる抗痙攣剤を一緒に可視化する：

Wolfram Research (2021), MoleculeAlign, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

テキスト

Wolfram Research (2021), MoleculeAlign, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

CMS

Wolfram Language. 2021. "MoleculeAlign." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

APA

Wolfram Language. (2021). MoleculeAlign. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html

BibTeX

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BibLaTeX

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