MoleculeAlign

MoleculeAlign[ref,mol]

返回一个与参考分子 ref 一致的 mol 版本.

MoleculeAlign[ref,mol,{r1m1,r2m2,…}]

将 mol 中的索引为 mi 的原子排列为 ref 中索引为 ri 的原子.

MoleculeAlign[ref,mol,patt]

使用分子样式 patt 查找 ref 和 mol 之间的原子映射.

MoleculeAlign[ref,{mol1,mol2,…},patt]

根据 ref 排列每个 moli.

MoleculeAlign[ref,mols,patt,prop]

排列分子并返回该排列的属性 prop.

更多信息和选项

  • MoleculeAlign 返回明确设置好了 AtomCoordinates 选项的 Molecule 对象.
  • 原子映射 {r1m1,r2m2,…} 可以表示会被排列的原子的子集.
  • 当至少三个非共线原子包括在映射中时，该排列为唯一. 当提供共线原子时，轴的方向无定义.
  • 当不提供原子映射时，ref 必须作为 mol 的子结构存在. 若 ref 出现数次，则会使用 FindMoleculeSubstructure 发现的第一个匹配的子结构.
  • 当排列了多个分子，原子映射可以 {r1{…},r2{…},…} 的形式提供，其中右手边是每个要被排列的分子的原子指数列表.
  • 多个分子可通过设置 MethodAutomatic 按照参考分子成对排列，或通过 Method"JointRMS" 共同按对方和参考分子进行排列.
  • 若 ref 不包含三维坐标，则它们会在排列前自动生成.
  • 可以指定下列选项：
  • WeightsAutomatic原子位置的权重
    Method Automatic要使用的方法
  • prop 可以是下列其中之一：
  • "Molecule"排列的分子
    "Transformation"使用的转换函数
    "Error"排列均方根差

范例

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基本范例  (5)

将2,3-二氢-4-喹啉酮的一个构象与另一个构象对齐：

将水分子的构象排列成另一个：

坐标被旋转并平移至参考排列：

排列两个分子：

用显式原子映射排列两个分子：

使用 MoleculePattern 决定原子映射，对两个分子进行排列：

范围  (3)

MoleculeAlign 可用于排列多个构象异构体. 从使用随机有向构象生成腺苷的10个异构体开始：

排列分子，并把它们一起展示：

提供一个说明应该排列异构体哪个部分的模式：

薄荷醇，一种单萜烯，是jujenol，一种倍半萜烯的子结构. 下面可以看到这些分子：

将 jujenol 排列成薄荷醇：

显示排列的结果：

使用显式指定的原子映射将白藜芦醇，一种内分泌干扰物，排列成雌二醇，一种荷尔蒙. 下面是上述分子：

一个用于可视化对齐的实用函数：

把分子放在一起展示：

将白藜芦醇的苯酚环碳原子和两个羟基氧原子排列成雌二醇的 A 环碳原子和两个羟基氧原子：

显示排列后的分子：

计算均方根排列误差：

选项  (2)

Method  (1)

当排列多个分子时，默认的方法会将每个移动分子与参考分子成对排列. 下面是丁烷的三个构象异构体：

第一个有反式构象，会用作参考分子. 另外两个是旁式构象. 首先用成对方法进行排列：

下面是相对于参考分子的均方根偏移：

通过最小化共同离差平方和的方式同时排列分子：

注意与成对排列相比，第二个和第三个分子的排列互相很接近了，同时也和参考分子很接近了.

下面是共同均方根偏移：

权重  (1)

原子权重允许指定对排列有更多影响力的原子. 下面看三个分子的范例展示这一功能：

这是默认原子权重的排列：

增加第二个原子的权重：

应用  (2)

螺内酯是一种矿物皮质激素和雄性激素受体的拮抗剂的药物，原因是它与各自的天然底物醛固酮和睾酮相似. 生成螺内酯、醛固酮和睾酮的分子：

将螺内酯的结构与醛固酮的结构对齐，并将它们放在一起进行可视化：

将螺内酯的结构与睾酮的结构对齐，并将它们放在一起进行可视化：

经典的抗惊厥药物具有非常相似的结构. 以下是各类代表经典抗惊厥药物的名单：

生成分子并找出每个分子的最低能量构象：

对齐最小能量的构象：

将不同的抗惊厥药物放在一起进行可视化：

Wolfram Research (2021)，MoleculeAlign，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

文本

Wolfram Research (2021)，MoleculeAlign，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

CMS

Wolfram 语言. 2021. "MoleculeAlign." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html.

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Wolfram 语言. (2021). MoleculeAlign. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeAlign.html 年

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