SNP

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参照ゲノムと標本母集団の間の一塩基多様性．

Entity["SNP",name]または

タイプ"SNP"の実体を表す．

[prop]

指定された特性の値を与える．

[{propi,…}]

特性のリストの値を与える．

[Dated[prop,date]]

特定の日付指定に関連付けられた特性の値を与える．

EntityClass["SNP",{propispeci,…}]

speci で定義された propi の値を持つ実体のクラスを表す．

実体のサンプル

  • …

特性

  • ChromosomePositionchromosome location
    EntityClassesentity classes
    EntityTypeListentity type list
    Genegene standard name
    GeneLengthgene length
    GenePositiongene location
    Locuslocus
    Namename
    WeightedAlleleFrequenciesweighted allele frequencies

詳細

  • "SNP"実体はそれぞれ，一塩基多型，つまり標本母集団と参照ヒトゲノムの間の一塩基対の差を表す．
  • "SNP"実体には，認識された参照ゲノムに対する変異だけが含まれるので，新たにリリースされた一塩基多型は含まれないこともある．"SNP"実体は人間についてのみ提供される．
  • 特性の中には，"SNP"実体タイプ全体について使え，EntityValue["SNP",property]の形式を使って得られるものもある．そのような特性には以下が含まれる．
  • "Properties"使用できる特性のリスト
    "PropertyCanonicalNames"使用できる特性の標準名
    "SampleEntities"使用できる実体のサンプルリスト（通常の長さは10）
    "SampleEntityClasses"使用できる実体クラスのサンプルリスト（通常の長さは10）
    "EntityCount"使用できる実体の数
    "Entities"使用できる実体のリスト
    "EntityCanonicalNames"使用できる実体の標準名
    "EntityClasses"使用できる実体クラスのリスト
    "EntityClassCanonicalNames"使用できる実体クラスの標準名
    "PropertyClasses"使用できる特性クラスのリスト
    "PropertyClassCanonicalNames"使用できる特性クラスの標準名
    "PropertyCount"使用できる特性の数
  • EntityValue["SNP",property,annotation]の第3引数として以下の注釈が使える．
  • "Source"特性の出典情報
    "Date"実体特性値に関連する日付（あれば）
    "EntityAssociation"実体と実体特性値の連想
    "PropertyAssociation"特性と実体特性値の連想
    "EntityPropertyAssociation"指定の実体がキー，値が特性と実体特性値のネストした連想である連想
    "PropertyEntityAssociation"指定の特性がキー，値が実体と実体特性値のネストした連想である連想
    "Dataset"指定の実体がキー，値が特性名と実体特性値の連想であるデータ集合
  • EntityValue[property,annotation]の第2引数として以下の注釈が使える．
  • "Qualifiers"特性の可能な限定子のリスト
    "QualifierValues"各限定子に与えることができる値のリスト
    "DefaultQualifierValues"特性の限定子のデフォルト値のリスト
    "Description"特性についての短いテキストでの説明
    "Definition"テキストでの特性についての詳しい説明
    "PhysicalQuantity"実体特性値に関連する物理量
    "Unit"実体特性値に関連する単位
  • 限定子の値であるAutomaticは，適用できる形式の値が使えることを意味する．例えば，"Date"限定子には固有の日付や日付範囲が含まれる．

例題

例  (3)

実体を調べる際には，を使う：

ある実体の特性値を求める：

ある実体について使用できる特性すべてのデータ集合を取り出す：