Affymetrix (.cel，.cdf，.chp，.gin，.psi)

予備知識

    • Affymetrixマイクロアレイデータ形式．
    • マイクロアレイデータとメタ情報の保管と交換に使われるファイル形式ファミリ．
    • ASCIIまたはバイナリ形式．
    • MAS，GCOS，およびコマンドコンソールアプリケーションのネイティブ形式．
    • CELファイルは各プローブの強度値のラスタを保管する．
    • CHPファイルはプローブセットについての処理されたデータを含む．
    • CDFファイルはどのプローブがどのプローブセットの一部なのかを記述する．
    • GINファイルは各プローブセットに関連付けられた遺伝子名を保管する．
    • PSIファイルはプローブセット名とプローブセット中のプローブ対の数を保管する．

Import

  • Import["file"]は任意のAffymetrix CEL，CDF，CHP，GIN，またはPSIファイルからデータをインポートする．
  • Import["file",elem]は指定の要素をインポートする．
  • Import["file",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","Affymetrix"]またはImport["file",{"Affymetrix",elem,…}]で指定できる．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • 共通のデータを表す要素：
  • "Data"強度値(CEL)，処理されたプローブセットデータ(CHP)，またはプローブセットの記録(CDF，PSI，GIN)
    "ProbeSetNames"文字列のリスト形式のプローブセット名
  • CDF，PSI，あるいはGINからインポートする際，Import["file",{"Data",probesetname}]は指定のプローブセットに対応する記録を返す．
  • Importは全Affymetrixファイル形式に対してデフォルトで"Data"要素を使用する．
  • 共通のメタデータ要素：
  • "Header"規則のリストとして与えられるメタ情報
  • 内在するDAT画像ファイルについてのメタ情報を表す追加のCEL要素：
  • "PixelRange"各プローブ強度値に対応する画素数
    "DataErrors"強度値における誤差
    "Outliers"異常値であると考えられるプローブの座標のリスト
  • 追加のCDF要素：
  • "QCData"品質管理情報
  • 追加のCHP要素：
  • "DetectionStates"検出された遺伝子式状態で，値True，False，Indeterminateのリストとして与えられる
    "DetectionSignificances"各検出状態に対応する 値
    "ProbePairs"各プローブセットの中のプローブ対の数
    "ProbePairsUsed"検出状態の推測に使われるプローブ対の数
    "Alleles"検出された遺伝子型
    "ConfidenceValues"各遺伝子型の信頼値

例題

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例  (5)

CELファイルから強度値のラスタをインポートしてプロットする：

CELファイルから完全なヘッダ情報をインポートする：

CDFファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：

プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：

プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：

プローブセット名，信号データ，検出状態をCHPファイルからインポートする：

GINファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：

プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：

プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：

PSIファイルからプローブセット名の最初のいくつかをインポートする：

プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：

スコープ  (2)

異常値プローブの位置を示す：

データから製造者の透かしを抽出し，画像として示す：