Affymetrix (.cel, .cdf, .chp, .gin, .psi)

背景

    • Affymetrix 微阵列数据格式.
    • 用于存储和交换微阵列数据与元信息的文件格式系列.
    • ASCII 或二进制格式.
    • MAS、GCOS 以及命令控制台应用程序的原始格式.
    • CEL 文件存储专用探针强度值的光栅.
    • CHP 文件包含关于探针集合的处理信息.
    • CDF 文件描述哪个探针是哪个探针集合的一部分.
    • GIN 文件存储与每个探针集合相关的基因名称.
    • PSI 文件存储探针集合名称以及在探针集合中的探针对的数量.

Import

  • Import["file"] 从任何 Affymetrix CEL、CDF、CHP、GIN 或 PSI 文件中导入数据.
  • Import["file",elem] 导入指定的元素.
  • Import["file",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个元素.
  • 导入格式可以用 Import["file","Affymetrix"] 或 Import["file",{"Affymetrix",elem,…}] 指定.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import从文件导入
    CloudImport从云对象导入
    ImportString从字符串导入
    ImportByteArray从字节数组导入

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 表示常用数据的参数：
  • "Data"强度值（CEL），处理的探针集合数据（CHP）或探针集合记录（CDF、 PSI、GIN）
    "ProbeSetNames"字符串列表形式的探针集合
  • 当从 CDF、PSI 或 GIN 中导入，Import["file",{"Data",probesetname}] 返回的记录与指定的探针集合相对应.
  • 默认情况下，对所有 Affymetrix 文件格式，Import 使用 "Data" 参数.
  • 常用元信息参数：
  • "Header"元信息以规则列表的形式给出
  • 其它 CEL 参数，表示关于基本的 DAT 图像文件的元信息：
  • "PixelRange"对应于每个探针强度值的像素数目
    "DataErrors"强度值中的错误
    "Outliers"被认为是离群的探针坐标列表
  • 其它 CDF 参数：
  • "QCData"质量控制信息
  • 其它 CHP 参数：
  • "DetectionStates"检测到的基因表达式状态，给出 True、False、Indeterminate 值的列表
    "DetectionSignificances"对应于每个检测状态的 值
    "ProbePairs"每个探针集合中的探针对数目
    "ProbePairsUsed"用于推断检测状态的探针对数目
    "Alleles"检测的基因类型
    "ConfidenceValues"每个基因类型检测的置信度

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (5)

从一个 CEL 文件中导入和绘制强度值的光栅：

从一个 CEL 文件导入完整的头信息：

从一个 CDF 文件读取完整的头信息：

导入首几个探针集合名字：

导入与探针集合名字相关的数据：

从一个 CHP 文件中导入探针集合名字，信号数据以及检测的状态：

从一个 GIN 文件中读取完整的头信息：

导入首几个探针集合名字：

导入与探针集合名字相关的数据：

从一个 PSI 文件中导入首几个探针集合名字：

导入与探针集合名字相关的数据：

范围  (2)

显示离群探针的位置：

从数据中显示制造商的水印并以图像的形式显示：