FCS (.fcs, .lmd)

背景

    • FCS 分子生物学格式.
    • 存储和交换流式细胞术检测数据的标准格式.
    • 混合式 ASCII/二进制格式.
    • 把细胞事件的信号强度存储为一个数组.
    • 关于数据采集的元信息存储在文件中.

Import 与 Export

  • Import["file.fcs"] 返回一个表示存储在文件中的细胞事件的数组.
  • Export["file.fcs",{paramnames,events}] 把一个参数名称列表和事件数组导出为 FCS 格式.
  • Export["file.fcs",{paramnames,paramreagents,events}] 把一个参数名称列表、参数试剂列表和事件数组导出为 FCS 格式.
  • Import["file.fcs",elem] 从一个 FCS 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.fcs",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可用 Import["file","FCS"] 或 Import["file",{"FCS",elem,…}] 指定.
  • Export["file.fcs",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 把每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.fcs",expr,opt1->val1,…] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.fcs",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

导入参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 文件元数据：
  • "Header"以规则列表形式给出的原文件标头
  • 表示数据的参数：
  • "Events"以一个数组表示的细胞事件
    "ParameterName"以一个规则列表(导入)或列表(导出)表示的参数名称
    "ParameterReagent"以一个规则列表(导入)或列表(导出)表示的参数试剂
  • 其他数据参数：
  • "Data"以一个数组表示的细胞事件
    "LabeledData"存储在文件中的数据规则列表
  • 默认情况下，对于 FCS 格式，Import 使用 "Events" 参数.
  • Export 至少需要一个参数名称列表和一个事件数组.
  • Export 可有选择地接受参数试剂列表. 其他可选关键字必须通过 "OptionalKeys" 选项指定.

选项

  • 高级 Export 选项：
  • "DataType"Automatic用于编码事件的数据类型
    "OptionalKeys"{}包含在标头中的可选关键字，以规则列表表示
  • Wolfram 语言尝试识别编码事件的最紧凑格式. 自动数据类型识别可通过 "DataType" 选项被重写.
  • "DataType" 的有效设置为：
  • "UnsignedInteger8"8位无符号整数
    "UnsignedInteger16"16位无符号整数
    "UnsignedInteger24"24位无符号整数
    "UnsignedInteger32"32位无符号整数
    "Real32"IEEE 单精度实数
    "Real64"IEEE d双精度实数
  • Wolfram 语言会自动重写某些在 "OptionalKeys" 中指定的被保护的关键字（例如， "$BEGINDATA" 和 "$BYTEORD"）. 因此，如果你重新导出一个已导入的 FCS 文件，你可以直接设置 "OptionalKeys" 为导入的 FCS 文件的 "Header" 参数值. 参数试剂（"$PnS" 关键字）会从 "OptionalKeys" 中删除仅当参数试剂是在主要的 Export 表达式中提供.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (7)

从一样本 FCS 文件中读取文件标头：

读取参数名称和试剂：

读取事件并显示表格中的头几项：

导出具有参数名称的事件值数组：

当导出时指定数据类型：

导出一个具有参数名称和参数试剂的事件值的数组：

导出一个具有同样标头的数据文件版本，但是带有事件的更小子集：

范围  (6)

在密度直方图中绘制没有变换的事件：

将具有 ArcSinh 变换轴的事件绘制为阴影等值线图：

使用 FindClusters 自动检测细胞的类似分组：

创建可能的双轴图的25网格：

执行细胞群的多边形的门控：

FCS 标准不支持负整数：

或者，导出负整数为实数：