MOL2 (.mol2)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-mol2Tripos MOL2 分子模型文件.
    • 用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
    • SYBYL 化学信息应用程序的原格式.
    • 纯文本表格格式.
    • 代表一个单一的化合物或多个化合物.
    • 存储原子坐标、化学键信息和元数据.

Import 与 Export

  • Import["file.mol2"] 从 MOL2 文件中导入一个分子列表.
  • Export["file.mol2",expr] 将分子或分子列表导出为 MOL2 文件.
  • Import["file.mol2",elem] 从一个 MOL2 中导入指定的参数.
  • Import["file.mol2",{elem,suba,subb,…}] 导入一个子参数.
  • Import["file.mol2",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","MOL2"] 或 Import["file",{"MOL2",elem,…}] 指定.
  • Export["file.mol2",mol] 通过将 mol 处理为 Molecule 创建一个 MOL2 文件.
  • Export["file.mol2",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 MOL2 文件.
  • Export["file.mol2",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 把每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.mol2",expr,opt1->val1,…] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.mol2",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"一个分子模型的符号表示
    "Molecule", n第 n 个分子的符号表示
  • 图形参数：
  • "Graphics3D"存储在文件中的所有分子模型的三维渲染
    "Graphics3D", n第 n 个分子的三维渲染
    "StructureDiagram"所有分子模型的二维结构公式
  • 表示数据的参数：
  • "EdgeRules"连接数据，以规则列表的形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型，以字符串的列表的列表形式给出
    "VertexCoordinates"原子坐标，通常单位为埃
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团，一般以化学元素的缩写列表表示
    "PartialCharges"原子电荷，以实数的列表形式给出
    "Residues"以三个字母缩写列表的列表表示的残基序列
    "Sequence"残基序列，以字符串的列表形式给出
    "ResidueAtoms"残基原子列表的列表
    "ResidueCoordinates"残基原子的三维坐标
    "ResidueCharges"由"ResidueAtoms"给出的原子电荷
  • Export["file.mol2",{vert,coord},{{"ResidueAtoms","ResidueCoordinates"}}] 从原子类型以及它们的二维或三维坐标规范中创建一个 MOL2 文件.

选项

  • Import 的通用选项：
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体大小
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 "ViewPoint"->Automatic，Wolfram 语言会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式：
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • "Rendering"的可能设置为：
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为叠加球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例

基本范例  (2)

将一个 MOL2 文件导入为分子：

显示在 MOL2文件中可用的 Import参数：

以下给出构成一个分子的原子列表：

导入分子并把它渲染为一个结构图：

以下给出残基原子类型以及文件中所有分子的三维坐标：

从上面的输出创建一个 MOL2 文件（残基名称的默认值为"Unk"；默认的原子电荷为0）：