「ノートブックの差分」パレットは，2つのノートブックを比較するためのツールである．これはテキストの内容や入出力から，画像，セルタグや適用されているセルスタイルを含むセルオプションまで，各ノートブックのすべての点を比較する．すべての差分をまとめたスタンドアロンのレポートが結果として得られる．

最初の2つのボタンは比較する2つのノートブック，または複数のノートブックを比較する際は，2つのディレクトリあるいはプロジェクトを選択するためのものである．

その他のボタンは例外を設定するもので，これらは特に結果のレポートに表示する差分の種類を絞り，現在の作業に関係のないレポートを排除するのに便利である．