AtomList

AtomList[mol]

给出 mol 表示的分子中所含原子的列表.

AtomList[mol,patt]

给出分子 mol 中与原子模式 patt 匹配的原子的列表.

AtomList[mol,patt,"prop"]

给出与 patt 匹配的原子的指定属性的值.

更多信息和选项

  • patt 的可能的值为：
  • "sym"原子符号为 "sym" 的原子
    Atom["sym",rules]具有 rules 描述的属性的原子
    MoleculePattern["patt"]由 SMARTS 字符串 "patt" 定义的原子模式
    patt1|patt2|…与任一 patti 匹配的原子
  • "prop" 的可能的值包括：
  • "AromaticAtomQ"芳香原子
    "AtomChirality"用 Cahn-Ingold-Prelog 优先级规则确定的绝对原子手性
    "AtomicNumber"原子序数
    "AtomicSymbol"标准原子符号
    "AtomIndex"原子索引号
    "CIPRank"用 Cahn-Ingold-Prelog 优先级规则算出的 atom rank
    "CoordinationNumber"原子的显式化学键的数量
    "Element"元素实体
    "FormalCharge"形式电荷
    "GasteigerPartialCharge"Gasteiger 部分电荷
    "GeometricStericEffectIndex"几何空间指数
    "HeavyAtomCoordinationNumber"与重原子之间的化学键的数量
    "HydrogenCount"氢的数量
    "ImplicitHydrogenCount"隐含氢的数量
    "Isotope"同位素实体
    "MassNumber"质量数
    "MMFFPartialCharge"MMFF 部分电荷
    "MostAbundantMassNumber"最常见同位素的质量数
    "OrbitalHybridization"轨道杂化
    "PiElectronCount" 电子数
    "RingMemberQ"环的成员关系
    "TopologicalStericEffectIndex"拓扑空间指数
    "UnpairedElectronCount"未成对电子数
    "UnsaturatedAtomQ"不饱和原子
    "Valence"原子价
  • 如果使用默认设置 IncludeHydrogensAll，AtomList 将返回所有原子. 用选项值 "ExplicitOnly"去除隐式原子.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

获取分子中的所有原子：

只获取碳原子：

获取碳原子的原子索引：

获取碳原子的原子索引、部分电荷和坐标：

只获取非碳原子：

获取与某个模式匹配的原子的多个属性：

范围  (2)

求环中所有碳原子的原子索引：

将结果传给 MoleculePlot，突出显示这些原子：

查找带有部分负电荷的不饱和原子：

突出显示这些原子：

选项  (2)

IncludeHydrogens  (2)

默认情况下，AtomList 将返回所有原子：

用 IncludeHydrogensNone 去除占原子大多数的氢原子：

这相当于使用去除氢原子的模式：

当氢原子的存在可以通过正常化合价规则推断得出时，通常可以省略. 用 IncludeHydrogens"ExplicitOnly" 只包括显式列出的原子：

可能存在的问题  (1)

因为 Molecule 会尝试用氢原子填充化合价，所以即使原始分子表达式中没有氢原子，也会将它们包括在原子列表中：

要想去除隐式氢原子，可使用：

或者，为了阻止氢原子出现，使用 Molecule 的选项 ValenceFillingNone：

所得分子只包含一个含有不成对电子的原子：

巧妙范例  (1)

给出所有非氢原子的杂化：

用 GroupBy 根据相应的杂化对原子索引进行分组：

用结果创建带注释的 3D 图，突出显示轨道杂化：

Wolfram Research (2019)，AtomList，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html （更新于 2020 年）.

文本

Wolfram Research (2019)，AtomList，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html （更新于 2020 年）.

CMS

Wolfram 语言. 2019. "AtomList." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. 最新版本 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html.

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Wolfram 语言. (2019). AtomList. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/AtomList.html 年

BibTeX

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