ProteinData

ProteinData[entity]

タンパク質 entity の参照核酸配列を与える．

ProteinData[entity,property]

タンパク質 entity の指定された property の値を返す．

ProteinData[entity,property,annotation]

指定された property に関連した指定された annotation を与える．

詳細

  • ProteinData[]はすべての参照ヒトタンパク質のリストを返す．
  • ProteinData中で指定される entity は，Entity，EntityClass，実体の正規名，あるいはそれらのリストでよい．
  • 指定された property は，EntityProperty，EntityPropertyClass，特性の正規名，あるいは特性のリストでよい．
  • タンパク質配列は標準的な一文字のアミノ酸コードとして表示される．
  • 基本特性
  • "MolecularWeight"総分子量（ダルトン）
  • タンパク質の配列特性
  • "DNACodingSequence"タンパク質の塩基対配列コード
    "DNACodingSequenceLength"タンパク質の塩基対配列コードの長さ
    "Gene"タンパク質にコードされている遺伝子
    "Sequence"タンパク質のアミノ酸配列
    "SequenceLength"タンパク質のアミノ酸配列の長さ
  • タンパク質の配列はもとのDNA配列には明示的に符号化されていない追加的な要素を含むことがある．
  • 残基に基づいた分子構造特性
  • "DihedralAngles"二面角の角度 phi, ψ, ω のリスト（ラジアン）
    "SecondaryStructureRules"螺線，シート等の構造の開始位置と終了位置を与える規則のリスト
  • 個々の原子に基づいた分子構造特性
  • "AdditionalAtomPositions"追加的原子の3D座標のリスト
    "AdditionalAtomTypes"追加的原子の要素記号のリスト
    "AtomPositions"タンパク質原子の3D座標のリスト
    "AtomRoles"タンパク質原子の構造的役割のリスト
    "AtomTypes"タンパク質原子の要素記号のリスト
    "GyrationRadius"旋回半径
    "MoleculePlot"3D分子構造プロット
  • 距離はピコメートルで測られる．
  • ProteinData[entity,property,grouping]はさまざまなグループ化での分子構造特性を与える．
  • {}グループ化は行わない
    "Chain"鎖でグループ化する
    "Residue"残基でグループ化する
    {g1,g2,…}グループ化の基準のリスト
  • 構造内の鎖に関連した特性
  • "ChainLabels"3D鎖状構造の識別子のリスト
    "ChainSequences"3D鎖状構造のアミノ酸配列のリスト
  • タンパク質の共通領域特性
  • "DomainIDs"領域のNCBI CDD番号
    "DomainPositions"タンパク質配列における領域の位置
    "Domains"タンパク質における領域の名前
  • 機能特性
  • "BiologicalProcesses"タンパク質に関連する生体内作用
    "CellularComponents"タンパク質が見付かる細胞成分
    "MolecularFunctions"タンパク質製品の分子機能
  • タンパク質認識特性
  • "AlternateNames"代替的な従来の名前
    "GeneID"タンパク質遺伝子のGeneID番号配列
    "Name"標準名
    "NCBIAccessions"NCBI受入れ配列
    "PDBIDList"PDB ID配列
    "PrimaryPDBID"構造特性等のためにWolfram言語内で選ばれたPDB ID
    "StandardName"標準的なWolfram言語名
  • ProteinData[entity,property,"Units"]は特定の特性値の単位を与える．

例題

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例  (6)

ヒトタンパク質のリストを得る：

リボン図を表示する：

タンパク質のアミノ酸配列を得る：

タンパク質の分子量を得る：

タンパク質配列中のアミノ酸の数を得る：

3Dタンパク質配列中の原子の座標を得る：

スコープ  (10)

名前とクラス  (5)

タンパク質名のリストを得る：

タンパク質の英語名を求める：

タンパク質の種類のリストを求める：

DNA結合に関連するタンパク質の種類を求める：

DNA結合に含まれるタンパク質のリストを得る：

属するタンパク質群のリストを得る：

タンパク質がある種類に属しているかどうか判定する：

タンパク質の構造  (3)

タンパク質のリボン図をプロットする：

タンパク質構造中の各原子の3D座標を得る：

対応する原子のタイプを得る：

原子の座標を残基によってグループ化する：

鎖によってグループ化する：

鎖と残基によってグループ化する：

特定の残基の原子のタイプを得る：

各残基のアルファ炭素原子を得る：

タンパク質骨格の描画のためにアルファ炭素の位置を使う：

特性と注釈  (2)

特定のタンパク質の特性のリストを得る：

特性の短めのテキストによる説明を得る：

特性と関係  (3)

タンパク質を符号化する遺伝子を得る：

GenomeDataから遺伝子によって符号化されるすべてのタンパク質の名前を得る：

ElementDataから原子の大きさ，ColorDataからは彩色方法を使ってタンパク質を表示する：

TubeとBezierCurveを使ってタンパク質骨格の構造を示す：

おもしろい例題  (2)

タンパク質骨格のランダムな集合：

タンパク質のRamachandranプロットを示す：

Wolfram Research (2008), ProteinData, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html （2014年に更新）.

テキスト

Wolfram Research (2008), ProteinData, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html （2014年に更新）.

CMS

Wolfram Language. 2008. "ProteinData." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2014. https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html.

APA

Wolfram Language. (2008). ProteinData. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html

BibTeX

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BibLaTeX

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