ProteinData

ProteinData[entity]

给出蛋白质 entity 的参考氨基酸序列.

ProteinData[entity,property]

给出蛋白质 entity 指定 property 的值.

ProteinData[entity,property,annotation]

给出与 property 相关的指定 annotation.

更多信息

  • ProteinData[] 给出所有蛋白质列表.
  • ProteinData 中的指定 entity 可以是 Entity、EntityClass、实体标准名称或列表.
  • 指定 property 可以是 EntityProperty、EntityPropertyClass、属性标准名称或属性列表.
  • 蛋白质序列可以用单字符的氨基酸字母组成的字符串表示.
  • 基本属性包括：
  • "MolecularWeight"总分子质量（道尔顿单位）
  • 序列的属性包括：
  • "DNACodingSequence"蛋白质的基本对序列代码
    "DNACodingSequenceLength"蛋白质的基本对序列代码的长度
    "Gene"蛋白质的基因代码
    "Sequence"蛋白质的氨基酸序列
    "SequenceLength"蛋白质的氨基酸序列长度
  • 蛋白质结构可能包含在原 DNA 序列中明确编码的其它元素.
  • 基于残基的分子结构属性包括：
  • "DihedralAngles"二面角 phi、ψ、ω 的列表（弧度）
    "SecondaryStructureRules"规则列表，给出螺旋等结构的起始坐标和终点坐标
  • 基于单个原子的分子结构属性包括：
  • "AdditionalAtomPositions"其它原子的三维坐标列表
    "AdditionalAtomTypes"其它原子的元素符号列表
    "AtomPositions"蛋白质原子的三维坐标列表
    "AtomRoles"蛋白质原子的结构角色列表
    "AtomTypes"蛋白质原子的元素符号列表
    "GyrationRadius"回转半径
    "MoleculePlot"三维分子结构图形
  • 距离按照微微米测量.
  • ProteinData[entity,property,grouping] 给出各组的分子结构属性：
  • {}无组
    "Chain"按链分组
    "Residue"按残基分组
    {g1,g2,…}分组标准列表
  • 在结构中与链相关的属性包括：
  • "ChainLabels"三维结构链的识别列表
    "ChainSequences"三维结构链的氨基酸列表
  • 蛋白质普通域属性包括：
  • "DomainIDs"域的 NCBI CDD 数
    "DomainPositions"蛋白质序列中域的坐标
    "Domains"蛋白质中域名称
  • 函数属性包括：
  • "BiologicalProcesses"与蛋白质相关的生物进程
    "CellularComponents"找到蛋白质的分子组件
    "MolecularFunctions"蛋白质的分子函数
  • 蛋白质的识别属性包括：
  • "AlternateNames"可选择的传统名称
    "GeneID"蛋白质基因的 GeneID 号
    "Name"传统名称
    "NCBIAccessions"NCBI 字符串
    "PDBIDList"所有 PDB ID 字符串列表
    "PrimaryPDBID"在 Wolfram 语言结构属性等中选择的PDB ID
    "StandardName"标准 Wolfram 语言名称
  • ProteinData[entity,property,"Units"] 给出一个特定属性值的单位.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (6)

给出人类蛋白质的列表：

显示带状图：

获得一个蛋白质的氨基酸序列：

获得一个蛋白质的分子重量：

获得蛋白质序列中氨基酸的数量：

获得一个三维蛋白质结构中原子的坐标：

范围  (10)

名称和类型  (5)

蛋白质名称列表：

求出一个蛋白质的英文名称：

给出蛋白质类型的列表：

求出与 DNA 带相关的蛋白质类型：

获得涉及 DNA 带中涉及的蛋白质列表：

得到所属的一个蛋白质组的列表：

测试一个蛋白质是否属于一个类：

蛋白质结构  (3)

绘制蛋白质的带状图：

获得蛋白质结构中每个原子的三维坐标：

获得相应的原子类型：

按照残基分组原子坐标：

按链分组：

按链和残基分组：

获得一个特定残基的原子类型：

获得每个残基的 alpha-carbon 原子：

用 alpha-carbon 坐标显示蛋白质总干线：

属性和注解  (2)

获得一个特定蛋白质的属性列表：

获得一个属性的简短文字描述：

属性和关系  (3)

获得蛋白质编码的基因：

获得从 GenomeData 的基因编码的所有蛋白质名称：

从 ElementData 用原子大小和从 ColorData 着色显示一个蛋白质：

用 Tube 和 BezierCurve 显示一个蛋白质主干线的机构信息：

巧妙范例  (2)

蛋白质主干线的随机集合：

显示蛋白质的 Ramachandran 图形：

Wolfram Research (2008)，ProteinData，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html （更新于 2014 年）.

文本

Wolfram Research (2008)，ProteinData，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html （更新于 2014 年）.

CMS

Wolfram 语言. 2008. "ProteinData." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. 最新版本 2014. https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html.

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Wolfram 语言. (2008). ProteinData. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/ProteinData.html 年

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