SimilarityRules

SimilarityRules

是函数的一个选项，比如 SequenceAlignment，它给出假设元素对之间的相似度的规则列表.

更多信息

  • SimilarityRules 的设置必须包含形式为 {e1,e2}->v 的规则列表，其中 ei 给出用来比较的元素，v 给出它们的相似分数.
  • ei 可以是明确的字符或其它元素、或者模式.
  • {e,""} 的一个规则给出一个删除的分数；{"",e} 的规则给出一个插入的分数.
  • SimilarityRules->Automatic 实际上等于SimilarityRules -> {{a_, a_} -> 1, {a_, b_} -> -1}， 对于任何的相等元素对，给出分数 +1，对于任何不匹配、删除或插入，给出分数 -1.
  • SimilarityRules 的下列名称设置执行不同的相似矩阵，它通常用于特殊的生物信息学目的：
  • "BLAST"核苷酸序列的排列
    "BLOSUM62"相关的氨基酸本地排列
    "BLOSUM80"相似序列的局部排列
    "PAM30"非常相似的氨基酸序列的全局排列
    "PAM70"相关序列的全局排列
    "PAM250"不相似序列的全局排列
  • 当处理 BioSequence 参数时，"SimilarDegenerateBases" 设置将允许可能共有任何基础化学物质的字母匹配.

范例

基本范例  (4)

对齐两个字符串的第一个 "X"：

选择 {"b","a"} 替换的方法，按第二个 "X" 排列：

用缺省的相似分数，得到两个字符串的全局相似度：

改变分数，这样 "b" 和 "X" 被认为是匹配的：

用 "PAM70" 相似矩阵来全局对齐相关的蛋白质序列：

查看使用 "SimilarDegenerateBases" 设置时局部对齐的差异：

Wolfram Research (2008)，SimilarityRules，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/SimilarityRules.html （更新于 2020 年）.

文本

Wolfram Research (2008)，SimilarityRules，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/SimilarityRules.html （更新于 2020 年）.

CMS

Wolfram 语言. 2008. "SimilarityRules." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. 最新版本 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/SimilarityRules.html.

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Wolfram 语言. (2008). SimilarityRules. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/SimilarityRules.html 年

BibTeX

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