Gene

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数多くのモデル生物の名前付き遺伝子．

Entity["Gene",name]または

タイプ"Gene"の実体を表す．

[prop]

指定された特性の値を与える．

[{propi,…}]

特性のリストの値を与える．

[prop,{qualivali,…}]

限定子規則 quali->vali によって修正された指定特性の値を与える．

EntityClass["Gene",{propispeci,…}]

speci で定義された propi の値を持つ実体のクラスを表す．

実体のサンプル

  • …

実体クラスのサンプル

  • …

特性

  • AlternateNamesalternate names
    BiologicalProcessesbiological processes names
    CellularComponentscellular components names
    Contextcontext
    EntityClassesentity classes
    FullSequencePositionchromosome position
    GeneSymbolgene symbol
    Lengthgene length
    Locuslocus
    MolecularFunctionsmolecular functions names
    Namename
    ProteinMolecularWeightprotein molecular weight
    Proteinsprotein names
    ReferenceSequencereference sequence
    Speciesspecies name
    Strandstrand

詳細

  • "Gene"実体はそれぞれ，ヒト，ミバエ，酵母菌，ネズミ等のモデル生物の特定の遺伝子を表す．
  • "Gene"実体クラスは，構造，機能，細胞状況，進化史において類似する遺伝子族に対応する．
  • 遺伝子データには，国立生物工学情報センター(NCBI)が提供する参照ゲノムに信頼性を持ってリンクできるデータだけが含まれるため，最新研究結果が含まれないということもある．遺伝子データは有名なモデル生物のいくつかについてのみ提供される．
  • 特性の中には，"Gene"実体タイプ全体について使え，EntityValue["Gene",property]の形式を使って得られるものもある．そのような特性には以下が含まれる．
  • "Properties"使用できる特性のリスト
    "PropertyCanonicalNames"使用できる特性の標準名
    "SampleEntities"使用できる実体のサンプルリスト（通常の長さは10）
    "SampleEntityClasses"使用できる実体クラスのサンプルリスト（通常の長さは10）
    "EntityCount"使用できる実体の数
    "Entities"使用できる実体のリスト
    "EntityCanonicalNames"使用できる実体の標準名
    "EntityClasses"使用できる実体クラスのリスト
    "EntityClassCanonicalNames"使用できる実体クラスの標準名
    "PropertyClasses"使用できる特性クラスのリスト
    "PropertyClassCanonicalNames"使用できる特性クラスの標準名
    "PropertyCount"使用できる特性の数
  • EntityValue["Gene",property,annotation]の第3引数として以下の注釈が使える．
  • "Source"特性の出典情報
    "Date"実体特性値に関連する日付（あれば）
    "EntityAssociation"実体と実体特性値の連想
    "PropertyAssociation"特性と実体特性値の連想
    "EntityPropertyAssociation"指定の実体がキー，値が特性と実体特性値のネストした連想である連想
    "PropertyEntityAssociation"指定の特性がキー，値が実体と実体特性値のネストした連想である連想
    "Dataset"指定の実体がキー，値が特性名と実体特性値の連想であるデータ集合
  • EntityValue[property,annotation]の第2引数として以下の注釈が使える．
  • "Qualifiers"特性の可能な限定子のリスト
    "QualifierValues"各限定子に与えることができる値のリスト
    "DefaultQualifierValues"特性の限定子のデフォルト値のリスト
    "Description"特性についての短いテキストでの説明
    "Definition"テキストでの特性についての詳しい説明
    "PhysicalQuantity"実体特性値に関連する物理量
    "Unit"実体特性値に関連する単位
  • 限定子の値であるAutomaticは，適用できる形式の値が使えることを意味する．例えば，"Date"限定子には固有の日付や日付範囲が含まれる．

例題

例  (3)

実体を調べる際には，を使う：

ある実体の特性値を求める：

ある実体について使用できる特性すべてのデータ集合を取り出す：