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Wolfram言語 ＆ システムドキュメントセンター

AgilentMicroarray (.txt)

  • Importはアジレントのマイクロアレイ形式を完全にサポートする．

予備知識

    • アジレントのマイクロアレイデータ形式．
    • マイクロアレイデータとメタ情報の保管と交換に使用されるファイル形式．
    • ASCII形式．
    • Agilent Feature Extraction，Agilent Genomic Workbench (AGW)両ソフトウェアの出力形式．
    • 3つのサブテーブルを含み，特徴抽出パラメータ，マイクロアレイレベルの統計，特徴量レベルデータを保管する．

Import

  • Import["file","AgilentMicroarray"]はアジレントマイクロアレイファイルからデータをインポートする．
  • Import["file",{"AgilentMicroarray",elem}]は指定された要素をインポートする．
  • Import["file",{"AgilentMicroarray",{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • Import["file",{"AgilentMicroarray",elem,subelem}]は指定のサブ要素をインポートする．
  • Import["file",{"AgilentMicroarray",elem,{subelem1,subelem2,…}}]は複数のサブ要素をインポートする．
  • Importについての一般的な全情報は，関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはアジレントマイクロアレイファイル形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • 共通のデータ表現要素：
  • "FeatureTable"生の特徴量の表
    "LabeledFeatureTable"規則のリストで表された特徴量の表
  • メタ情報要素：
  • "Header"規則のリストで与えられたFeature Extractionパラメータ
  • アレイ規模の統計要素：
  • "Statistics"規則のリストで与えられたアレイ規模の統計
  • 3つの主な表("LabeledFeatureTable"，"Header"，"Statistics")で利用できるサブ要素をリストするにはImport["file",{"AgilentMicroarray",elem,"Elements"}]を使う．
  • Importはデフォルトでは"FeatureTable"要素を使用する．

例題

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例  (2)

アレイ規模の統計をインポートする：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/GSM263810.txt", {"AgilentMicroarray", "Statistics"}] //Short[#, 5]&

Feature Extractionソフトウェアで使用されているパラメータをインポートする：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/GSM263810.txt", {"AgilentMicroarray", "Header"}] //Short[#, 5]&

各特徴量について利用できるデータをリストする：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/GSM263810.txt", {"AgilentMicroarray", "LabeledFeatureTable", "Elements"}]//Short[#, 10]&

いくつかの特徴量について，遺伝子名と対数比をインポートする：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/GSM263810.txt", {"AgilentMicroarray", "LabeledFeatureTable", {"GeneName", "LogRatio"}, Range[50, 60]}]//TableForm@Transpose@#&

スコープ  (1)

プローブの倍率変化のに基づくマイクロアレイのデジタル描画を作成する：

Wolfram Language code: data = Transpose@Import["ExampleData/GSM263810.txt", {"AgilentMicroarray", "LabeledFeatureTable", {"PositionX", "PositionY", "LogRatio"}}]; data[[All, 3]] = Rescale[data[[All, 3]]]; RG[z_] := Blend[{Green, Black, Red}, z] Graphics[Table[{RG[i[[3]]], Disk[i[[1 ;; 2]], 5]}, {i, data}], ImageSize -> 500, Background -> Black]