BioImageFormat (.nii, .img, .lif, .ome.tiff, ...)

予備知識

    • プロプライエタリな顕微鏡画像データとメタデータの読み取りをサポートする.
    • 160以上のファイル形式をサポートする.
    • ウィスコンシン大学マディソン校,ダンディー大学,Glencoe SoftwareのLOCIの開発チームを含む,Open Microscopy Environmentコンソーシアムによって開発された.
    • ライセンスと引用情報は OMEライセンスページ にある.

Import

  • Import["file.nii"] は,例えばNIfTIファイルをインポートして,画像のリストを返す.
  • Import["file.nii",elem] は指定された要素をインポートする.
  • インポート形式は Import["file"," BioImageFormat"] またはImport["file",{" BioImageFormat",elem,}]で指定できる.
  • 一般的な情報は,以下の関数ページを参照のこと:
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素:
  • {"ImageList",series}画像のリスト(デフォルトでは series=All
  • 高度なImport要素:
  • "SeriesCount"ファイル中の一連のデータの数
  • メタデータ要素:
  • "OriginalMetaInformation"オリジナルのメタデータ
    "OMEXMLMetaInformation"OME-XML形式でのメタデータ
  • デフォルトの Import 要素は "ImageList"である.

例題

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  (1)

NIfTIファイルをダウンロードする:

NIfTIファイルをインポートする:

スコープ  (1)

Leica LIFファイルをダウンロードする:

シリーズの数をインポートする:

デフォルトでは,全てのシリーズの画像がインポートされる:

シリーズの次元を確認する:

2番目のシリーズをインポートする:

Import要素  (1)

NIfTIファイルをダウンロードする:

オリジナルメタデータをインポートする:

OME-XMLメタデータをインポートする: