DICOMDIR

予備知識

    • MIMEタイプ：application/dicom
    • DICOM医療画像形式．
    • 一般に医療用撮像設備や医療画像データのアーカイブ，通信システムで使用される．
    • DICOMDIRは複数の被検者，スタディ，一連の画像を参照する．
    • DICOMはDigital Imaging and Communications in Medicineの頭字語である．
    • 複数のラスタ画像を被検者およびデバイス情報と共に保管する．
    • バイナリ形式．
    • 種々の画像符号化とデータ圧縮法をサポートする．
    • DICOM Version 3.0は1993年に導入された．

ImportとExport

  • Import["path/to/DICOMDIR",elements]は指定の要素をインポートする．
  • Import["path/to/DICOMDIR",{elem,suba,subb,…}]はサブ要素をインポートする．
  • Import["path/to/DICOMDIR",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • 構造要素：
  • "FileNames"参照されたファイルの構造に従うファイル名の連想
    "StructureGraph"参照されたファイルの構造を表すグラフ
    "StructureGraphLegend"構造化されたグラフの凡例
    "Summary"特性の概要
  • メタデータ要素：
  • "MetaInformation"DICOMファイルのメタデータ
    "PatientCount"参照された被検者の総数
    "Patients"被検者のIDと利用できるメタデータの連想
    "StudyCount"参照されたスタディの総数
    "Studies"被検者と対応するスタディの連想
    "SeriesCount"参照されたシリーズの総数
    "Series"被検者，スタディ，対応するシリーズの連想
  • データ要素：
  • "CenterImage"中心画像の連想
    "Image"最初の画像の連想
    "Image3D"Image3Dオブジェクトの連想
    "ImageList"画像のリストの連想
  • オーバーレイ要素：
  • "Overlays"オーバーレイ画像の連想
  • Importはデフォルトで"FileNames"要素を使用する．
  • 複数の画像のシリーズのImportで"Image"を使うと，最初の画像が与えられる．
  • 任意の要素 elem の部分データのインポートのためのサブ要素は，被験者，スタディ，またはシリーズ指定を{elem,patient,study,series}という形式で取ることができる．patient，study，series はすべて以下のいずれでもよい：
  • nn 番目の項目
    -n最後から数える
    id項目をIDで指定する
    {n1,n2,…}項目の指標またはIDのリスト

オプション

  • Importオプション：
  • BoxRatiosAutomatic3D境界ボックスの比
    "ScalingWindow"Automaticイメージデータのスケール方法
  • "ScalingWindow"に使用できる設定：
  • Automatic自動スケーリング
    Noneスケーリングなし
    "MinMax"すべてのフレームのデータの最小値および最大値にスケールする
    "MinMaxPerFrame"各フレームのデータの最小値および最大値にスケールする
    {center,w}範囲{center-w,center+w}にスケールする
    <|"Center"center,"Width"w|>範囲{center-w,center+w}にスケールする
    <|"Min"min,"Max"max|>範囲{min,max}にスケールする
  • "ScalingWindow"->Automaticとすると，値はファイルに保存されたスケーリング値を使ってスケールされる．スケーリング設定が保存されていない場合は，値は"MinMax"メソッドを使ってスケールされる．

例題

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例  (3)

DICOMDIRファイルを含むサンプルディレクトリをダウンロードして解凍する：

DICOMDIRの概要をインポートする：

利用できるすべてのインポート要素のリスト：

最初の被験者，スタディ，シリーズの中間の画像をインポートする：

DICOMDIRの構造グラフを示す：

Import要素  (44)

データ要素  (14)

ファイルの各シリーズの中間から画像を1つインポートする：

DICOMDIRが参照する各スタディの最初のシリーズの中間から画像を1つ取得する：

DICOMDIRのすべての被験者の最初のスタディの2つ目のシリーズの中間から画像を1つ取得する：

DICOMDIRが参照するすべての画像の画像データをインポートする：

DICOMDIRが参照する各スタディの最初のシリーズのすべての画像の画像データを取得する：

DICOMDIRの最初の被験者の最初のスタディの2つ目のシリーズの最初の3つの画像の画像データを取得する：

ファイルの各シリーズから画像を1つインポートする：

DICOMDIRが参照する各スタディの最初のシリーズの画像を1つ取得する：

DICOMDIRのすべての被験者の最初のスタディの2つ目のシリーズから画像を1つ取得する：

特定の被験者の最初のスタディの最初のシリーズに含まれる画像をインポートする：

DICOMDIRが参照する各シリーズの画像数を取得する：

DICOMDIRの全ての被験者の最初のスタディの2つ目のシリーズから画像をインポートする：

DICOMDIRから3D画像の構造化された集合をインポートする：

特定の被験者の最初のスタディの4つ目のシリーズの3D画像をインポートする：

メタデータ要素  (30)

指定のDICOMDIRが参照するファイル名の構造化された集合をインポートする：

特定の被検者に関係するファイルの名前をインポートする：

特定の被検者の最初のスタディの最初のシリーズに関係するファイルの名前を新ポートする：

DICOMDIRの全ての被験者の最初のスタディの最初のシリーズに関係するファイルの名前をインポートする：

指定のDICOMDIRが参照する絶対ファイルパスの構造化された集合をインポートする：

特定の被験者に関係するファイルの絶対パスをインポートする：

特定の被験者の最初のスタディの最初のシリーズに関係するファイルの絶対パスをインポートする：

DICOMDIRの全ての被験者の最初のスタディの最初のシリーズに関係するファイルの絶対パスをインポートする：

DICOMDIRが参照する各ファイルに含まれているメタ情報をインポートする：

各シリーズの最初のファイルからメタ情報をインポートする：

各シリーズの最初のファイルから取得時間をインポートする：

ファイルの最初のシリーズの最初のファイルから，日付に関連するメタ情報をすべてインポートする：

DICOMDIRが参照する被験者の総数を取得する：

指定のDICOMDIRが参照するすべての被験者についての情報をインポートする：

指定のIDの被験者のデータを取得する：

最初の被験者のデータを取得する：

最初の被験者の名前を取得する：

DICOMDIRが参照するシリーズの総数を取得する：

DICOMDIRが参照するすべてのシリーズについての構造化された情報をインポートする：

指定のIDの被験者のすべてのシリーズについての情報を取得する：

最初の被験者の最初のスタディの最初の3つのシリーズについての情報を取得する：

最初の被験者の最初のスタディからの4つ目のシリーズのシリーズの説明を取得する：

DICOMDIRの構造をインポートする：

"StructureGraph"の凡例をインポートする：

構造グラフに凡例を加える：

指定のDICOMDIRが参照するすべてのスタディについての構造化された情報をインポートする：

指定のIDの被験者のすべてのスタディについての情報を取得する：

最初の被験者の最初のスタディについての情報を取得する：

最初の被験者の最初のスタディの日付を取得する：

DICOMDIRが参照するスタディの総数を取得する：

概要をインポートする：

Importオプション  (5)

"ScalingWindow"  (5)

デフォルトでは，値は自動的にスケールされる：

スケーリングを行わない：

すべてのフレームの最小値と最大値を使ってスケールする：

画像のリストをインポートし，すべてのフレームの最小・最大値を使ってスケールする：

各フレームの最小・最大値を使ってスケールする：