FASTQ (.fastq，.fq)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/seq-na-fastq
    • FASTQ分子生物学形式．
    • ベースクオリティ付きDNA配列の保管と交換の標準形式．
    • プレーンテキスト形式．
    • 核酸の配列と塩基品質を文字列で保管する．
    • メタ情報を表すために多くの表記方法が使われている．

ImportとExport

  • Import["file.fastq"]はDNA配列をFASTQファイルからインポートする．
  • Export["file.fastq",expr]は配列または配列のリストをFASTQ形式にエキスポートする．
  • Import["file.fastq"]はファイルに保管されている配列を表す文字列のリストを返す．
  • Export["file.fastq",{seq,qual}]はDNAの配列を表している文字列と塩基品質をFASTAにエキスポートする．
  • Export["file.fastq",{{seq1,seq2,…},{qual1,qual2,…}}]は複数のDNA配列と塩基品質をエキスポートする．
  • Import["file.fastq",elem]はFASTQファイルから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.fastq",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","FASTQ"]またはImport["file",{"FASTQ",elem,…}]で指定できる．
  • Export["file.fastq",expr,elem]は expr が要素 elem を指定してるとしてFASTQファイルを作成する．
  • Export["file.fastq",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]は各 expri が対応する elemi を指定しているとして扱う．
  • Export["file.fastq",expr,opt1->val1,…]は指定の値を持つ指定のオプション要素で expr をエキスポートする．
  • Export["file.fastq",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
  • ImportとExportについての一般的な全情報は，関数ページを参照のこと．
  • ImportStringとExportStringはFASTQ形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • "Header"生のヘッダ行
    "Sequence"文字列のリストで表されたDNA配列
    "Qualities"文字列のリストで表された塩基品質
  • ImportはデフォルトではFASTQ形式に"Sequence"要素を使用する．
  • その他のデータ要素：
  • "Data""Header"，"Sequence"，"Qualities"要素がまとめられたリスト
    "LabeledData"ファイルに保管された各配列の規則のリスト
  • Wolfram言語は核酸に標準IUB/IUPAC省略形を使用する：
  • Aアデノシン
    Cシチジン
    Gグアニン
    Tチミジン
    Uウラシル
    Rプリン（GまたはA）
    Yピリミジン（TまたはC）
    Kケトン（GまたはT）
    Mアミノ基（AまたはC）
    S強い相互作用（GまたはC）
    W弱い相互作用（AまたはT）
    BCまたはGまたはT
    DAまたはGまたはT
    HAまたはCまたはT
    VAまたはCまたはG
    N任意の核酸（AまたはCまたはGまたはT）
    -不明な長さのギャップ
  • Wolfram言語は塩基品質にASCII文字を使用する．

オプション

  • 高度なExportオプション：
  • "LineWidth"701行あたりの最大文字数

例題

例  (6)

サンプルのFASTQファイルからヘッダラインを直接読む：

DNA配列を読む：

DNA配列と塩基品質を読む：

短い配列にデフォルトのヘッダ情報を加えて，FASTQに変換する：

2つの配列をエキスポートする：

ヘッダと配列のペアをエキスポートする：

"Data"要素を使って前の出力をインポートすると，生のヘッダと配列が得られる：

規則のリストをインポートする：