GenBank (.gb，.gbk)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/seq-na-genbank
    • GenBank分子生物学形式．US NCBI（National Center for Biotechnology Information；全米バイオテクノロジー情報センター）データベースのネイティブ形式．
    • 注釈付きDNA配列の保管と交換のための標準形式．
    • テキスト形式．
    • 1982年にNIH GenBankプロジェクトの一部として開発された．

ImportとExport

  • Import["file.gb"]はDNA配列あるいはタンパク質配列をGenBankファイルからインポートする．
  • Import["file.gb"]はファイル内に保持された配列を表す文字列を返す．
  • Import["file.gb",elem]は指定された要素をGenBankファイルからインポートする．
  • Import["file.gb",{elem,suba,subb,…}]はサブ要素をインポートする．
  • Import["file.gb",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポートの形式はImport["file","GenBank"] あるいはImport["file",{"GenBank",elem,…}]で指定することができる．
  • ImportとExportについての完全な一般情報は関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはGenBank形式をサポートする．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • "Features"すべての処理注釈情報（規則のリストとして与えられる）
    "Sequence"文字列としてのDNA配列あるいはタンパク質配列
    "Plaintext"フォーマットされたテキストとしての配列
    "Reference"関連する参考文献のリスト
    "Comment"配列に関するさまざまなコメント
  • Importは"Sequence"要素をデフォルトでGenBank形式に使う．
  • メタ情報要素：
  • "Locus"ローカスの記述
    "Definition"GenBankファイルタイトル
    "NCBIAccession"NCBI Accession Number
    "NCBIAccessionVersion"バージョン付きNCBI Accession Number
    "Accession"配列についての主要受入番号
    "GenBankID"GenBankデータベース識別子
    "Project"解読計画の名前
    "Keywords"キーワードのリスト
    "Organism"ファイルで参照されているSource Organism
    "Segment"配列セグメント（複数のGenBankファイルに分割されている場合）
    "Source"由来生物
    "Reference"書誌参照（規則のリストとして与えられる）
    "Comments"ファイルに保持されたコメント（文字列のリストとして与えられる）

例題

例  (6)

以下はサンプルのGenBankファイルで使用可能な要素を返す：

ファイルタイトル：

基本的なローカス情報：

Source Organismについての情報をインポートする：

Accession NumberとGenBank IDを抽出する：

DNA配列の最初の文字を読み取る：

列のテキストバージョンをインポートする：

参考文献のリストを読み込み，最初の項目を抽出する：