XYZ (.xyz)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-xyz
    • XMOL 分子模型文件.
    • 用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
    • 纯文本表格格式.
    • 表示一个简单的化合物.
    • 存储原子坐标和元信息.
    • 不存储化学键信息.
    • 于 1990 年由 Minnesota Supercomputer Center（明尼苏达超级计算中心）开发.

Import 与 Export

  • Import["file.xyz"] 从一个 XYZ 文件导入一个分子.
  • Export["file.xyz",expr] 把分子模型的参数导出至 XYZ 文件.
  • Import["file.xyz"] 返回一个 Molecule 对象.
  • Import["file.xyz",elem] 从一个 XYZ 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.xyz",{elem,suba,subb,…}] 导入一个子参数.
  • Import["file.xyz",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","XYZ"] 或 Import["file",{"XYZ",elem,…}] 指定.
  • Export["file.xyz",mol] 通过将 mol 作为 Molecule 对待创建一个 XYZ 文件.
  • Export["file.xyz",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 XYZ 文件.
  • Export["file.xyz",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 把每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.xyz",expr,opt1->val1, …] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.xyz",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
    "Graphics3D"XYZ 文件被渲染为一个 Graphics3D 对象
  • 默认情况下，对于 XYZ 格式，Import 使用 "Molecule" 参数.
  • 表示数据的参数：
  • "Molecule"一个分子模型的符号表示
    "VertexCoordinates"原子坐标，通常以埃给定
    "VertexTypes"构成分子的所有原子或基团，一般以化学元素缩写的列表形式表示
  • Export["file.xyz",{vert,coord},{{"VertexTypes","VertexCoordinates"}}] 从原子类型和它们的三维坐标规范中创建一个 XYZ 模型.

选项

  • Import 的通用选项：
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体尺寸
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->Automatic，Wolfram 语言自动计算导入分子模型的最优观察角度.
  • 一个 XYZ 文件中不含有关于原子间键的信息. 键由原子间的距离决定，并且尝试分配键型. 若需要禁用该功能，则使用 "InferBondTypes" -> False
  • 选择一个三维渲染样式：
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • "Rendering" 可能的设置为：
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为重叠球的原子
    "Wireframe"以线渲染的化学键

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

导入一个 XYZ 样本文件，并把其渲染为一个球棍模型：

绘制三维分子图形：

创建分子并导出到 XYZ 文件：

将文件重新导入并绘制三维图：

将分子作为空白填充原子显示：

导入参数  (1)

"InferBondTypes"  (1)

用 "InferBondTypes" 禁用原子键型检测：