水に自動イオン化反応を適用する：

有機酸と塩基の間に反応を適用する：

反応物を逆にし，ヒスチジンを酸，アラニンを塩基として同じ反応を適用する．

アルケンをアルコールに変換する反応を適用する：

生成物についてマッチする"Chemical"実体を求める：

SMARTS文字列の反応からDiels–Alder反応についてのパターン反応を作る：

パターン反応をジエンとジエノフィルに適用する：

ApplyReactionは重複する結果を削除するが，場合によっては組合せの目的で反応物パターンと入力分子の間の可能なすべての一致が必要になる場合がある．そのような場合は，まずFindMoleculeSubstructureをデフォルトではないオプションOverlapsTrueで使うことで原子のマッピングを得ることができる：

このマッピングをApplyReactionの第3引数として使う：

結果の2つしか一意的ではないことがすぐにわかる：

ラジカル塩素原子をメタンと反応させる：

分子間エステル化について反応を定義する：

パターン反応をカルボン酸とアルコールに適用する：

パターン反応をカルボン酸と同位体標識されたアルコールに適用する：

分子内エステル化のパターン反応を定義する：

ヒドロキシル化カルボン酸からラクトン（環状エステル）を形成する：

メバロン酸（複数のヒドロキシル基を持つカルボン酸）から可能なすべてのラクトンを求める：

原子マッピングを使って結果を六員環（メバノロラクトン）を持つ生成物に限定する：

アセチル化のパターン反応を定義する：

サリチル酸をアセチル化してアスピリンを形成する：

ショ糖を徹底的にアセチル化する：

一連の反応を適用してo-フタルアルデヒドからフタリドを合成する：

ペプチドのアミド形成を表すパターン反応：

標準アミノ酸に対応する分子を生成する：

ペプチドをそのアミノ酸配列から生成する：

結果はBioSequenceで得られるものと同じである：

ApplyReactionの結果は反応物の分子が与えられる順序による：

ベンジジン転位はビアリールアミンを生成するための転位反応である：

ベンジジン転位を使ってヒドラゾベンゼンからベンジジンを作成する：

ウギ反応は多成分反応の典型的な例である．以下はその3コンポーネント版である：

使用する出発物質に応じて，ウギ反応を使用してさまざまな局所麻酔薬が合成できる：

以下は麻酔薬のリドカインとプリロカインに対応する：

グリコシド結合を形成するためのパターン反応を定義する：

グルコースの環状形態の および アノマーの分子を生成する：

グルコースの2つのアノマーから作ることができるすべての可能な二糖類を構築する：

フルクトースの環状形態の β アノマーの分子：

原子マッピングを使用してグルコースとフルクトースからスクロースを形成する：