MoleculeMesh

MoleculeMesh[mol]

MoleculeすなわちBioMolecule mol を表すBoundaryMeshRegionオブジェクトを返す．

MoleculeMesh[mol,type]

表面のタイプが type のメッシュを返す．

MoleculeMesh[mol,{type,param1val1,…}]

与えられたパラメータを使ってメッシュを作成する．

詳細とオプション

  • 次は，サポートされるメッシュタイプである．
  • "Gaussian"ガウス面
    "VanDerWaals"ファンデルワールス面
    "SolventAccessible"溶液が浸透しやすい面
    "BallAndStick"原子には球を，結合には円筒を
  • "VanDerWaals"面は，ファンデルワールス半径を使った各原子の表面の和集合である．
  • ガウス面は，で定義されるスカラー場の等値面として定義される．xiと riはそれぞれ i 番目の原子の位置と半径であり，d は前因子である． "Gaussian"面は以下のパラメータとデフォルト値を持つ．
  • "GaussianPrefactor"0.9パラメータ d
    "Isosurface"1.1等値面の値
  • "SolventAccessible"面には次のパラメータとデフォルト値がある．
  • "ProbeRadius"1.4分子内の各原子に加えられる原子半径
  • MoleculeMeshは次のオプションを持つ．
  • MaxCellMeasure Automatic最大のセルサイズ
    IncludeWaters False水和の水を含めるかどうか
    IncludeHydrogensAutomatic水素原子を含めるかどうか
  • SurfaceAreaおよびVolumeは分子のメッシュに作用して，単位がそれぞれAngstroms2とAngstroms3の表面積と体積を実数で返す．

例題

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例  (2)

分子を境界メッシュに変換する：

この分子のガウス面のためのメッシュを作成する：

生体分子を境界メッシュに変換する：

スコープ  (3)

分子と境界を球と円筒として表示するメッシュ領域を作成する：

同じ分子を，結合なしで原子はファンデルワールス(van der Waals)半径を使った球として表現して表示する：

"Gaussian"面に異なるパラメータ設定を使う：

ガウスメッシュとBioMoleculePlot3Dのリボンダイアグラムを組み合せてリボンの位置を表示する：

オプション  (2)

IncludeWaters  (1)

生体分子の中には，結晶構造から取った余分な水分子を含むものがある．これらには水素が結合されていないことが多い．デフォルトで，これらはMoleculeMesh出力には含まれない．オプションIncludeWatersTrueを使ってこの水を表示する：

MaxCellMeasure  (1)

オプションMaxCellMeasureを使ってメッシュの品質を制御する：

おもしろい例題  (2)

メタシクロファン分子の2つの配座異性体から始める：

ボールと棒のメッシュ領域を見る：

これらの配座異性体のガウス面を作成する：

面の面積と体積を求める：

表面積が最小および最大のデカンの異性体を求める：

分岐の度合いが大きいほど表面積は小さくなる：

これらの異性体の体積と表面積の散布図を作成する：

Wolfram Research (2025), MoleculeMesh, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

テキスト

Wolfram Research (2025), MoleculeMesh, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

CMS

Wolfram Language. 2025. "MoleculeMesh." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

APA

Wolfram Language. (2025). MoleculeMesh. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html

BibTeX

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