MoleculeMesh

MoleculeMesh[mol]

返回表示 Molecule 或 BioMolecule mol 的 BoundaryMeshRegion 对象.

MoleculeMesh[mol,type]

返回曲面类型 type 的网格.

MoleculeMesh[mol,{type,param1val1,…}]

用提供的参数创建网格.

更多信息和选项

  • 支持的网格类型包括：
  • "Gaussian"高斯曲面
    "VanDerWaals"Van der Waals 曲面
    "SolventAccessible"溶剂可及曲面
    "BallAndStick"用球体表示原子，圆柱体表示键
  • "VanDerWaals" 曲面是每个原子使用其范德华半径形成的球体的联合体.
  • 高斯曲面被定义为由 定义的标量场的等值面，其中 xi 和 ri 分别是第 i 个原子的位置和半径，d 为前因子. "Gaussian" 曲面具有以下参数和默认值：
  • "GaussianPrefactor"0.9参数 d
    "Isosurface"1.1等值面的值
  • "SolventAccessible" 曲面具有以下参数和默认值：
  • "ProbeRadius"1.4为分子中每个原子所添加的原子半径
  • MoleculeMesh 有以下选项：
  • MaxCellMeasure Automatic最大单元的度量
    IncludeWaters False是否包含水合物中的水
    IncludeHydrogensAutomatic是否包含氢原子
  • SurfaceArea 和 Volume 将作用于分子网格，以实数形式返回表面积和体积，单位分别为 Angstroms2 和 Angstroms3.

范例

打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)

将分子转换为边界网格：

为该分子的高斯曲面创建网格：

将生物分子转换为边界网格：

范围  (3)

创建一个网格区域，将原子和键显示为球体和圆管：

显示同一个分子，不显示键，用具有范德华半径的球体表示原子：

为 "Gaussian" 曲面设置不同的参数：

将高斯网格与 BioMoleculePlot3D 的带状图结合起来，在相应的位置显示缎带：

选项  (2)

IncludeWaters  (1)

一些生物分子具有从晶体结构中获取的额外水分子. 这些水分子通常没有氢原子. 默认情况下，在 MoleculeMesh 输出中不包含这些水分子. 使用选项 IncludeWatersTrue 来显示水：

MaxCellMeasure  (1)

用选项 MaxCellMeasure 来控制网格的质量：

巧妙范例  (2)

从元环芳烃分子两种不同的构象异构体开始：

查看球和管构成的网格区域：

创建这些构象异构体的高斯曲面：

求表面积和体积：

求具有最小和最大表面积的癸烷异构体：

分支程度越大，表面积越小：

绘制这些异构体的体积与表面积的散点图：

Wolfram Research (2025)，MoleculeMesh，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

文本

Wolfram Research (2025)，MoleculeMesh，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

CMS

Wolfram 语言. 2025. "MoleculeMesh." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html.

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Wolfram 语言. (2025). MoleculeMesh. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculeMesh.html 年

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