CIF (.cif)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-cif
    • 3D分子モデルファイル．
    • 3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
    • CIFはCrystallographic Information FileおよびCrystallographic Information Frameworkの頭字語である．
    • プレーンテキスト形式．
    • 拡張可能な自己記述形式．
    • 1991年に国際結晶学連合(International Union of Crystallography)において開発された．

Import

  • Import["file.cif"]はCIFファイルを読み込み，その内容を規則のリストとして返す．
  • Import["file.cif",elem]はCIFファイルから指定された要素をインポートする．
  • Import["file.cif",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","CIF"]またはImport["file",{"CIF",elem,…}]で指定できる．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Importファイルからインポートする
    CloudImportクラウドオブジェクトからインポートする
    ImportString文字列からファイルからインポートする
    ImportByteArrayバイト配列からインポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • "Data"規則のリストとして与えられる数値・テキストデータ
    "Comments"ユーザコメントの文字列リスト
    "Molecule"分子モデルの記号表現
  • ImportはデフォルトでCIF形式に"Data"要素を使用する．

例題

例  (2)

CIFファイルをインポートする：

CIFファイルから分子オブジェクトをインポートする：

分子を3Dで可視化する：