SDF (.sdf，.sd)

予備知識

    • MIMEタイプ：chemical/x-mdl-sdfMDL分子モデルファイル．
    • 3D分子モデルを保持したり交換したりするために，化学情報アプリケーションとWebで使用される．
    • プレーンテキストの表形式．
    • 任意数の化合物を表す．
    • 原子座標，化学結合情報，そしてメタデータを保持する．
    • Elsevier Molecular Design Limited (MDL)によって維持されている．

ImportとExport

  • Import["file.sdf"]は分子のリストをSDFファイルからインポートする．
  • Export["file.sdf",expr]は分子または分子のリストをSDFファイルにエキスポートする．
  • Import["file.sdf",elem]は指定された要素をSDFファイルからインポートする．
  • Import["file.sdf",{elem,suba,subb,…}]は子要素をインポートする．
  • Import["file.sdf",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポートの形式はImport["file","SDF"]あるいはImport["file",{"SDF",elem,…}]を使って指定することができる．
  • Export["file.sdf",mol]は分子からSDFファイルを作成する．
  • Export["file.sdf",{mol1,mol2,…}]は分子のリストからSDFファイルを作成する．
  • Export["file.sdf",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]はそれぞれの expri が対応する elemi を指定するものとして扱う．
  • Export["file.sdf",expr,opt1->val1,…]は expr を指定された値を持つとされる指定されたオプション要素でエキスポートする．
  • Export["file.sdf",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]は規則を使ってエキスポートされるべき要素を指定する．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

Import要素

  • 一般的なImport要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ要素：
  • "Molecule"分子モデルの記号表現
    "Molecule", nn 番目の分子の記号表現
    "Metadata"ファイルからのメタデータを含むAssociation
    "Metadata", nn 番目の分子のメタデータ
  • Graphics要素：
  • "Graphics3D"ファイルに保持されたすべての分子モデルの3Dレンダリング
    "Graphics3D",nn 番目の分子の3Dレンダリング
    "StructureDiagram"すべての分子の2D構造式
  • データ表現要素：
  • "EdgeRules"規則のリストのリストで与えられる，結合性データ
    "EdgeTypes"文字列のリストのリストとしての，結合の型
    "FormalCharges""VertexTypes"で与えられる原子の電荷
    "MassNumbers"同位体の質量数
    "VertexCoordinates"2Dあるいは3Dの原子座標（通常オングストロームで与えられる）
    "VertexTypes"分子を構成している原子あるいはグループすべて（通常，化学元素の省略形のリストとして与えられる）
  • Import["file.sdf","EdgeRules"]は規則のリストのリストとしてファイルに保持された化合物すべてについての結合性データを返す．
  • Export["file.sdf",{vertlist,coordlist},{{"VertexTypes","VertexCoordinates"}}]は原子の型と2Dあるいは3D座標の指定からSDFファイルを作成する．
  • メタ情報要素：
  • "Header"ファイル内に保持されたそれぞれの分子のヘッダ情報で，文字列のリストとして与えられる

オプション

  • 一般的なImportオプション：
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックス全体の大きさを指定する
    BackgroundWhite使用する背景色を指定する
    ViewPointAutomatic3Dモデルを見る空間内の視点
  • デフォルト設定"ViewPoint"->Automaticを使うと，Wolfram言語はインポートされた分子配列を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
  • 3Dのレンダリングスタイルを選択する：
  • "Rendering""BallAndStick"可視化メソッドを指定する
  • "Rendering"で使用可能な設定には以下のものがある：
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒を使ったモデルで表示する
    "Spacefilling"重なり合っている球体として表示された原子
    "Wireframe"線として描画された結合
  • 一般的なExportオプション：
  • "CoordinateDimension"Automatic2Dと3Dのどちらの座標を含むのか
    "Header"Automatic最初の行に使用する文字列
    IncludeHydrogensAutomatic明示的に水素原子を含むかどうか
  • "CoordinateDimension"Automaticと設定すると，分子式が明示的にAtomCoordinatesを含んでいる場合は3が，分子がAtomDiagramCoordinatesを含んでいる場合は2が選択される．
  • どちらもない場合，座標は自動的に生成される．このとき，分子が明示的または潜在的のどちらで水素を持つのかによって，それぞれ3Dまたは2Dの座標が使用される．

例題

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例  (2)

SDFファイルで使用可能なImport要素を表示する：

すべての分子をインポートする：

ファイルから2つ目の分子をインポートする：

このファイルの第2の化合物のメタ情報をインポートする：

以下ではファイルに保持されているすべての構造図について原子の型とその2D座標を返す：

分子のリストをSDFファイルにエキスポートする：

以下は前の出力からSDFファイルを作成する：

Exportオプション  (2)

"CoordinateDimension"  (1)

"Header"  (1)

「PubChem」の化合物IDのリストを使って出力にラベルを付ける：