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BioMoleculeAlign[ref,biomol]

返回一个与参考生物分子 ref 对齐的 biomol 副本.

BioMoleculeAlign[ref,biomol,mapping]

使用提供的映射来确定对齐中包括哪些链.

BioMoleculeAlign[ref,biomol,mapping,prop]

对齐生物分子并返回指定的对齐属性 prop.

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范例  
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巧妙范例  
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按以下格式引用：

BioMoleculeAlign

BioMoleculeAlign[ref,biomol]

返回一个与参考生物分子 ref 对齐的 biomol 副本.

BioMoleculeAlign[ref,biomol,mapping]

使用提供的映射来确定对齐中包括哪些链.

BioMoleculeAlign[ref,biomol,mapping,prop]

对齐生物分子并返回指定的对齐属性 prop.

更多信息

  • BioMoleculeAlign 用于在三维空间中对两个肽链或核酸分子进行结构对齐.
  • BioMoleculeAlign 采用基于结构而非序列的算法，通过优化模板建模评分目标函数（即 TM-score）来实现三维结构对齐. 它常用于将预测结构与实验测定的结构进行比较分析.
  • 给定对齐的 TM-score 由 ∑i 来定义，其中 Lref 是参考生物分子结构的长度，di 是第 i 个对齐残基的主链原子之间的距离，d0(Lref)=1.24-1.8 是一个用于对结果进行归一化的距离尺度. 返回的是使 TM-score 最大化的对齐结果.
  • TM-score 的取值范围在 0 到 1 之间，其中 1 表示完全匹配. 当 TM-score 低于 0.2 时，通常认为匹配结果是随机产生的；而当得分超过 0.5 时，则表明两个结构的折叠方式大致相同.
  • mapping 应当设置为 Automatic，或者为参考结构 ref 与生物分子结构 biomol 中链标签之间设定一条规则，例如 {"A","B"}{"C","D"}. 当给定一条规则时，在序列对齐过程中将仅考虑指定的链.
  • prop 可以是以下的其中之一：
  • "BioMolecule"参与对齐的生物分子
    "Transformation"所使用的变换函数
    "RMSError"对齐结果的均方根误差值
    "TMScore"对齐的模板建模得分
    "AlignedResidueCount"参与对齐的残基数目
    "SequenceIdentity"相同残基在参与对齐残基中所占的比例
    "SequenceCharacterAlignment"对齐序列的可视化表示
    "TMScore"对齐的模板建模得分
    		All包含所有属性的关联对象 Association

范例

打开所有单元 关闭所有单元

基本范例  (3)

基于实验晶体结构创建生物分子：

现在，从该生物分子中提取肽序列并折叠：

预测结构的 3D 坐标与实验结构无关：

现在将预测结构与实验结构对齐，并以 3D 形式显示：

查看序列对齐：

查找对齐中的 RMSD 错误：

将较小的肽与较大的肽中的特定链对齐：

将较小的肽与不同的链对齐：

BioMoleculeAlign 可以将具有不同序列但 3D 结构相似的肽对齐：

RMSD 误差和高 TM-score 的结果表明这些结构排列得非常好：

几乎所有的氨基酸残基都参与了对齐：

但这两个序列存在显著差异：

范围  (2)

将 RNA 链与 RNA 肽复合物的 RNA 部分对齐：

比较 AlphaFold 数据库中两种不同生物的细胞周期蛋白依赖性激酶 2 的结构：

巧妙范例  (1)

对两个大型生物分子组件进行对齐：

Wolfram Research (2025)，BioMoleculeAlign，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeAlign.html.

文本

Wolfram Research (2025)，BioMoleculeAlign，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeAlign.html.

CMS

Wolfram 语言. 2025. "BioMoleculeAlign." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeAlign.html.

APA

Wolfram 语言. (2025). BioMoleculeAlign. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeAlign.html 年

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