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BioMoleculeValue[biomol,prop]

BioMolecule biomol の特性 prop の値を返す．

BioMoleculeValue[biomolpart,prop]

biomol の part に関連付けられた特性値を返す．

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BioMoleculeValue

BioMoleculeValue[biomol,prop]

BioMolecule biomol の特性 prop の値を返す．

BioMoleculeValue[biomolpart,prop]

biomol の part に関連付けられた特性値を返す．

詳細

  • BioMoleculeValue[biomolpart,prop]の形の入力の part は，キーとデフォルト値が以下で与えられるAssociationでなければならない．
  • "Model"1使用するモデル
    "Chains"All含める鎖
    "Residues"All含める残基
    "Atoms"All含める原子
  • 次の一般的な特性を使うことができる．
  • "Name"生体分子名
    "BioSequence"タイプが"HybridStrand"のBioSequence
    "ModelCount"モデルの数（通常1）
    "Models"それぞれ1つのモデルを持つBioMoleculeオブジェクトのリスト
    "AssemblyCount"アセンブリの数
    "AssemblyData"アセンブリについてのデータ
    "Assemblies"それぞれ1つのアセンブリを持つBioMoleculeオブジェクトのリスト
    "CrystallographicSpaceGroup"結晶学的空間群
    "ComputedStructureQ"biomol が予想された構造の場合にTrueを与える
    "PDBString""PDB"形式で biomol を表す文字列
    "MMCIFString""MMCIF"形式で biomol を表す文字列
  • 次の特性はモデルレベルで適用される．
  • "ChainCount"鎖の数
    "ChainIDs"鎖のIDのリスト．例：{"A","B",…}
    "AuthorChainIDs"原著者によって与えられた鎖のIDのリスト
    "PolymerChainCount"ポリマー鎖の数
    "PolymerChainLabels"ポリマー鎖のラベルのリスト
    "ResidueCount"すべての鎖の残基の数
  • 以下の特性は鎖レベルで適用され，結果はキーが鎖のラベルであるAssociationで返される．
  • "ResidueCounts"鎖あたりの残基の数
    "ResidueAbbreviations"残基のラベルのリスト．例：{"Gly","Pro",…}
    "ResidueIDs"数値ID
    "AuthorResidueIDs"原著者によって与えられた数値ID
    "AtomCounts"鎖あたりの原子の数
    "ChainTypes"鎖のタイプ，例：{"Peptide","RNA",…}
    "BioSequences"各ポリマー鎖のBioSequence
    "BackboneCoordinates"バックボーン座標のQuantityArray．ペプチドの場合は"CA"，核酸の場合は "O3"
    "PeptideTorsionAngles"ペプチド ，， の角度のQuantityArray
    "RamachandranAngles"ペプチド および の角度のQuantityArray
    "ResidueDistanceMatrix"バックボーン座標間の距離行列
  • 次の特性は残基レベルで適用され，結果はキーが鎖のラベルで値が各残基ごとに1つのリストのリストあるAssociationで返される．
  • "AtomicSymbols"原子のシンボル
    "AtomCoordinates"QuantityArrayで包み込まれた単位付きの原子の座標
    "AtomCoordinateValues"オングストローム単位の数値による原子座標
    "AtomLabels"各原子のラベル．例：{"CA","CB",…}

例題

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例  (2)

ExternalIdentifierから生体分子を作成する：

ラマチャンドラン角を求める：

角をプロットする：

複数のモデルを使って生体分子を作成する：

各モデルの残基3の最初の原子の原子座標を求める：

原子の位置を可視化する：

スコープ  (1)

生体分子の各鎖の残基の数を求める：

鎖Bの残基の数だけを求める：

Wolfram Research (2024), BioMoleculeValue, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeValue.html.

テキスト

Wolfram Research (2024), BioMoleculeValue, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeValue.html.

CMS

Wolfram Language. 2024. "BioMoleculeValue." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeValue.html.

APA

Wolfram Language. (2024). BioMoleculeValue. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculeValue.html

BibTeX

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BibLaTeX

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