BondList

BondList[mol]

分子 mol の結合のリストを与える．

BondList[mol,patt]

原子パターン patt にマッチする，分子 mol の結合のリストを与える．

BondList[mol,patt,"prop"]

patt にマッチする結合の，指定された特性の値を与える．

詳細とオプション

  • 次は，patt の可能な形式である．
  • "type"指定された結合タイプを持つ結合
    Bond[{a1,a2},"type"]aiで定義された原子を含む結合
    MoleculePattern[…]1つの結合を含む分子パターン
  • aiは，原子インデックスあるいは原子を表すパターンでよい．
  • 次は，"prop"の可能な値である．
  • "BondIndex"結合インデックス
    "BondLength"指定された原子間のユークリッド距離
    "BondType"結合タイプ
    "ConjugatedBondQ"共役結合
  • デフォルトオプション設定のIncludeHydrogensAllでは，BondListによってすべての結合が返される．オプション値"ExplicitOnly"を使うと暗黙的水素原子との結合が除去できる．

例題

すべて開くすべて閉じる

例  (3)

分子のすべての結合を得る：

炭素炭素結合のみを得る：

二重結合のみを得る：

炭素炭素二重結合のみを得る：

パターンを使ってすべての環外結合を求める：

MoleculePlotに結果を与えて，結合を所定の位置で可視化する：

異なるタイプの炭素結合について，結合の長さを比較する：

オプション  (1)

IncludeHydrogens  (1)

BondListは，デフォルトで，すべての原子を含む：

IncludeHydrogensNoneを使って原子の大部分を占める水素を除去する：

これは，水素原子を除去するパターンを使うことに等しい：

考えられる問題  (2)

芳香結合は，視覚的には単結合あるい二重結合として表示される：

芳香結合を含まない"Double"結合の数を尋ねる：

数を数える前にMoleculeModifyを使って芳香結合を単結合または二重結合に変換する：

Moleculeは原子価を水素原子で埋めようとするので，もとの分子式には含まれない水素原子が数に含まれる：

暗黙的水素原子を除去したければ，IncludeHydrogens"ExplicitOnly"を使うとよい：

MoleculeオプションのValenceFillingNoneを使って水素原子が表示されないようにすることもできる：

結果の分子には結合がない単一の原子が含まれている：

おもしろい例題  (1)

ExternalIdentifierによって"PubChem"から取り出したデータを使って分子を作る：

存在する結合タイプと結合の平均長を示すDatasetを作る：

Wolfram Research (2019), BondList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BondList.html （2020年に更新）.

テキスト

Wolfram Research (2019), BondList, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/BondList.html （2020年に更新）.

CMS

Wolfram Language. 2019. "BondList." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/BondList.html.

APA

Wolfram Language. (2019). BondList. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/BondList.html

BibTeX

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