SmithWatermanSimilarity

SmithWatermanSimilarity[u,v]

给出一个数，表示字符串、向量或生物序列 u 和 v 之间的 Smith–Waterman 相似度.

更多信息和选项

  • SmithWatermanSimilarity[u,v] 求出元素 u 和 v 之间的最佳局部对齐，并返回单个元素 (one-element) 匹配的数量.
  • 对于字符串，设置选项 IgnoreCase->True 使得 SmithWatermanSimilarity 忽略大小写.
  • 在缺省设置 SimilarityRules->Automatic 下，两个字符的每次匹配使得总的相似度积分加 1，而每次不匹配、插入或删除则使得总的相似度积分 -1.
  • 对于每次插入或删除，选项 GapPenalty 指定从相似度积分中减去一定分数.

范例

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基本范例  (3)

两个字符串之间的 Smith–Waterman 相似度：

两个向量之间的 Smith–Waterman 相似度：

两个生物序列之间的 Smith–Waterman 相似度：

选项  (1)

SimilarityRules  (1)

"SimilarDegenerateBases" 设置允许匹配生物分子序列中的简并项，从而获得更高的相似度积分：

Wolfram Research (2008)，SmithWatermanSimilarity，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html （更新于 2020 年）.

文本

Wolfram Research (2008)，SmithWatermanSimilarity，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html （更新于 2020 年）.

CMS

Wolfram 语言. 2008. "SmithWatermanSimilarity." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. 最新版本 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html.

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Wolfram 语言. (2008). SmithWatermanSimilarity. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html 年

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