MOL (.mol)

背景

    • MIME 类型：chemical/x-mdl-molfile
    • MDL 分子模型文件.
    • 用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
    • 纯文本表格格式.
    • 代表一个单一的化合物.
    • 存储原子坐标、化学键信息和元数据.
    • 由 Elsevier Molecular Design Limited (MDL) 维护.

Import 与 Export

  • Import["file.mol"] 从一个 molfile 导入一个分子模型.
  • Export["file.mol",expr] 把一个分子模型参数导出至 molfile.
  • Import["file.mol"] 给出一个 molfile 中含有的有分子模型的 Moleculel.
  • Import["file.mol",elem] 从一个 molfile 中导入指定的参数.
  • Import["file.mol",{elem,suba,subb,…}] 导入一个子参数.
  • Import["file.mol",{{elem1,elem2,…}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","MOL"] 或 Import["file",{"MOL",elem,…}] 指定.
  • Export["file.mol",mol] 通过将 mol 处理为 Molecule 创建一个 molfile.
  • Export["file.mol",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 molfile.
  • Export["file.mol",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}] 把每一个 expri 指定为相应的 elemi.
  • Export["file.mol",expr,opt1->val1,…] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.mol",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

Import 参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"一个分子模型的符号表示
  • 图形参数：
  • "Graphics3D"分子模型的三维渲染
    "StructureDiagram"二维结构公式
  • 数据表示的参数：
  • "EdgeRules"连接数据，以规则列表的形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型，以字符串的列表形式给出
    "FormalCharges"原子电荷，以整数的列表形式给出
    "MassNumbers"同位素质量数
    "VertexCoordinates"三维或二维的原子坐标，通常单位为埃
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团，一般以化学元素的缩写列表表示
  • Export["file.mol",{vert,coord},{{"VertexTypes","VertexCoordinates"}}] 按照原子类型和它们的二维或三维坐标的规范创造一个 molfile.
  • 元信息参数：
  • "Header"来自于文件中的标头信息

选项

  • 图形 Import 选项：
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体大小
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 "ViewPoint"->Automatic，Wolfram 语言会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式：
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • "Rendering"的可能设置为：
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为叠加球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键
  • 通用 Export 选项包括：
  • "CoordinateDimension"Automatic是否包括二维和三维坐标
    "Header"Automatic第一行要使用的字符串
    IncludeAromaticBondsTrue是否使用 "Aromatic" （芳香）键类型
    IncludeHydrogensAutomatic是否包含明确的氢原子
  • 当设置为 "CoordinateDimension"Automatic 时，如果分子表达式包含显式的 AtomCoordinates，则选择 3；如果分子包含 AtomDiagramCoordinates，则选择 2.
  • 如果两者都不存在，则将自动生成坐标. 在这种情况下，将使用三维或二维坐标，这取决于该分子是否分别具有显式氢或隐式氢.

范例

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基本范例  (2)

显示在 MOL 文件中可用的 Import 参数：

将三维分子模型导入为 Molecule：

文件中的坐标包含于 AtomCoordinates 选项下的表达式中：

当导入一个 molfile 包含分子的二维表示时，坐标存储于 AtomDiagramCoordinates 选项的表达式中：

从上面的输出创建一个 molfile：

导出选项  (3)

"CoordinateDimension"  (1)

使用 "CoordinateDimension"n（其中 n 是 2 或 3），来控制是否导出二维或三维坐标：

IncludeAromaticBonds  (1)

默认情况下，如果存在芳香键，则标记为 MDL 键类型 4：

要在 MDL 方案中使用交替的单键和双键（键类型 1 和 2），请使用选项 IncludeAromaticBondsFalse：

"Header"  (1)

使用化合物 "PubChem" 化合物 ID 来标记输出：