Open PHACTS

本サービスは,2019年3月にOpen PHACTS Foundationによって正式に廃止された.

Wolfram言語を使ってOpen PHACTS APIに接続し,薬理学のさまざまなデータリソースを調べる.

接続と認証

ServiceConnect["OpenPHACTS"]は,OpenPHACTS APIへの接続を確立する.それまでに保存された接続が見付かった場合は,それが使われる.それ以外の場合は,新たな認証リクエストが起動される.

リクエスト

ServiceExecute["OpenPHACTS","request",params]は,パラメータ params を使い,Open PHACTS APIにリクエストを送る.次は可能なリクエストである.

化合物情報

リクエスト:

"CompoundInformation" 1つあるいは複数の化合物についての情報

パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "InChI"None文字列としての化合物識別子
    "InChIKey"None文字列としての化合物識別子
    "SMILES"None文字列としての化合物識別子
  • 化合物からのクラスメンバーの数

    リクエスト:

    "CompoundClassMembersCount" サポートされる階層内の指定されたクラスに分類された化合物の数.現在サポートされている唯一の階層はChEBI Ontologyである.

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "InChI"NoneInChI文字列
    "InChIKey"NoneInChIKey文字列
    "SMILES"NoneSMILES文字列
  • 化合物からのクラスメンバーのリスト

    リクエスト:

    "CompoundClassMembersList" サポートされる階層内の指定されたクラスに分類された化合物のリスト.現在サポートされている唯一の階層はChEBI Ontologyである.

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "InChI"NoneInChI文字列
    "InChIKey"NoneInChIKey文字列
    "SMILES"NoneSMILES文字列
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返す要素数
    "SortBy"Noneソートに使う希望変数
  • 化合物のクラス

    リクエスト:

    "CompoundClassifications" 指定された化合物URIが分類されているクラス.現在サポートされている階層はChEBI OntologyとGene Ontologyである.

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "InChI"NoneInChI文字列
    "InChIKey"NoneInChIKey文字列
    "SMILES"NoneSMILES文字列
  • InChI,InChiKey,あるいはSMILESからの化合物URI

    リクエスト:

    "GetURI" 指定されたInChI,InChIKey,あるいはSMILES文字列に対応するChemSpider URI

    パラメータ:
  • "InChI"NoneInChI文字列
    "InChIKey"NoneInChIKey文字列
    "SMILES"NoneSMILES文字列
  • 識別子のうち1タイプだけが入力として使用できる.

    ターゲット情報

    リクエスト:

    "TargetInformation" 1つあるいは複数のターゲットについての情報

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
  • ターゲットからのクラスメンバーの数

    リクエスト:

    "TargetClassMembersCount" サポートされている階層の指定のクラスに分類されたターゲットの数.現在サポートされている階層は,Enzyme Classification,ChEMBL Target Tree,Gene Ontologyである.

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "TargetOrganism"NoneChEMBL内の文字通りの生命体
    "TargetOrganismURI"NoneUniprotからの生命体URI
  • ターゲットからのクラスメンバーのリスト

    リクエスト:

    "TargetClassMembersList" サポートされる階層内の指定されたクラスに分類されたターゲットのリスト.現在サポートされる階層は,Enzyme Classification,ChEMBL Target Tree,Gene Ontologyである.

    パラメータ:
  • "URI"(必須)化合物のURIまたはURIのList
    "TargetOrganism"NoneChEMBL内の文字通りの有機体
    "TargetOrganismURI"NoneUniprotからの有機体URI
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返す要素数
    "SortBy"Noneソートに使う希望変数
  • ターゲットタイプのリスト

    リクエスト:

    "TargetTypes" LDC内のターゲットタイプのリスト

    経路情報

    リクエスト:

    "PathwayInformation" 単一経路についての情報

    パラメータ:
  • "URI"(必須)経路URI
  • 経路からの化合物のリスト

    リクエスト:

    "PathwayCompounds" 経路指定の一部である化合物のリスト

    パラメータ:
  • "URI"(必須)経路URI
  • 経路有機体

    リクエスト:

    "PathwayOrganisms" 有機体URIと経路データが入手可能なラベルのリスト

    パラメータ:
  • "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返す要素数
    "SortBy"Noneソートに使う希望変数
  • 類似度で検索

    リクエスト:

    "StructureSearchBySimilarity" 指定されたアルゴリズムと閾値によると入力分子に類似しているChemSpider化合物URLの集合

    パラメータ:
  • "Molecule"(必須)SMILES文字列
    "SimilarityType"None"Tanimoto""Tversky",あるいは"Euclidian"
    "Threshold"None0から1までの実数
    "Alpha"None0から1までの実数.Tversky測度でのみ使用可
    "Beta"None0から1までの実数.Tversky測度でのみ使用可
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返す要素数
  • 下位構造で検索

    リクエスト:

    "StructureSearchBySubstructure" 指定された構造を有するChemSpider化合物URI

    パラメータ:
  • "Molecule"(必須)SMILES文字列
    "MolType"None"SMILES""SMARTS"
    "StartIndex"1開始指標
    MaxItems10返す要素数
  • パラメータの詳細

    リクエスト"CompoundClassMembersList"中の"SortBy"の可能な値:
  • "ChildNode"子ノード
    "CompoundName"化合物名
    "CWCompound"cW化合物
    "Item"項目
    "NodeURI"ノードURI
    "OCRSCompound"OCRS化合物
  • リクエスト"TargetClassMembersList"内の"SortBy"の可能な値:
  • "ChildNode"子ノード
    "Item"項目
    "NodeURI"ノードURI
    "ChEMBLName"ChEMBL名
    "ChEMBLOrganism"ChEMBL生命体
    "ChEMBLTarget"ChEMBLターゲット
    "G"G
    "G2"G2
    "IMSUniprotTargetURI"IMS UniProtターゲットURI
    "Mapping"マッピング
    "MappingDataset"マッピング
    "MappingName"マッピング名
    "MappingOrg"マッピングOrg
    "MappingOrgURI"マッピングOrg URI
    "MappingType"マッピングタイプ
    "TargetType"ターゲットタイプ
    "UniprotName"UniProt名
    "UniprotOrganism"UniProt生命体
    "UniprotTarget"UniProtターゲット
  • リクエスト"PathwayOrganisms"内の"SortBy"の可能な値:
  • "Count"
    "Item"項目
    "Label"ラベル
    "Pathway"経路
  • 例題

      (5)

    認証ダイアログを起動して接続を確立する:

    指定された識別子に対応する化合物URIを求める:

    指定された構造を含む構造物のURIを求める:

    指定された閾値内で類似した構造を求める:

    化合物の詳細情報を得る:

    指定されたクラス内の化合物の数を得る:

    指定されたクラス内の化合物のリストを得る:

    ChEMBLターゲットタイプと各タイプに属する数のリストを得る:

    指定クラス内のターゲットのリストを得る:

    リンクされたデータキャッシュ(LDC)ないの経路のリストを得る:

    指定された経路で明示的に言及されている化合物のリストを得る: