配列アラインメントと比較

Wolfram言語には配列アラインメントと比較のための最先端のアルゴリズムが含まれており,非常に多くの要素を含む文字列をリストが扱える.

SequenceAlignment 挿入と削除も可能にし,文字列間のアラインメントを求める

Diff 2つの式間の差分表現を返す

Diff3 2つの式とその共通祖先について三方差分表現を返す

LongestCommonSubsequence 共通の最長の連続的な部分列を求める

LongestCommonSequence 断続的なものも含む共通の最長の列を求める

LongestCommonSubsequencePositions  ▪  LongestCommonSequencePositions

StringPosition  ▪  StringCases  ▪  StringCount

SequencePosition  ▪  SequenceCases  ▪  SequenceCount

Subsequences リストのすべての部分列

LongestOrderedSequence リスト中の順序立った最長の列を求める(不連続の場合もある)

WarpingCorrespondence  ▪  CanonicalWarpingCorrespondence

距離と類似度の測定基準 »

SmithWatermanSimilarity  ▪  NeedlemanWunschSimilarity

EditDistance  ▪  DamerauLevenshteinDistance  ▪  HammingDistance  ▪  ...

Nearest 距離測定基準に対して最も近い列を求める

FindClusters 距離測定基準に対して列のクラスタを求める

Dendrogram  ▪  ClusteringTree

DistanceMatrix 各ペア間の距離の行列を構築する

BioSequence DNA等の鎖型構造の文字列ベース表現

GenomeLookup ヒトやその他のゲノムの厳密に一致するものを求める