Wolfram 语言包含先进的序列调整和比较的算法，具有处理包含大量元素的字符串和列表的能力.

SequenceAlignment — 字符串间的对齐，允许插入和删除

Diff — 返回两个表达式间的差异的表示

Diff3 — 返回两个表达式和它们的共同祖先之间的三向差异的表示

LongestCommonSubsequence — 找出最长的连续的共有的子序列

LongestCommonSequence — 找出最长的共有的序列，也许不相交

LongestCommonSubsequencePositions  ▪  LongestCommonSequencePositions

StringPosition  ▪  StringCases  ▪  StringCount

SequencePosition  ▪  SequenceCases  ▪  SequenceCount

Subsequences — 列表的所有子序列

LongestOrderedSequence — 求列表中最长的有序序列，可能不相交

WarpingCorrespondence  ▪  CanonicalWarpingCorrespondence

相似度和距离测量 »

SmithWatermanSimilarity  ▪  NeedlemanWunschSimilarity

EditDistance  ▪  DamerauLevenshteinDistance  ▪  HammingDistance  ▪  ...

Nearest — 找出关于距离测量的最近的序列

FindClusters — 找出关于距离测量序列簇

Dendrogram  ▪  ClusteringTree

DistanceMatrix — 构建成双距离的矩阵

BioSequence — 链状结构（例如 DNA）基于字符串的表示

GenomeLookup — 找出人类和其它基因组精确的匹配