分子に原子を加える：

分子のリストを加える：

分子に結合を加える：

原子に結合のリストを加える：

分子の3D座標を使って立体化学を推測する．まず，定義された立体化学なしで，原子，結合，座標で分子を作る：

"XYZ"ファイルから構造をインポートし，3D座標を正規化する：

インポートした後で，分子の重心と主軸を計算する：

"CanonicalizeAtomCoordinates"は分子を平行移動し，重心を原点に移動し，主軸がデカルト軸と揃うように回転させる：

分子がSMILES文字列あるいは名前のような識別子から作られたとき，座標は即座には計算されない：

"ComputeAtomCoordinates"を使って座標を計算し分子式に保存する：

RandomSeedingオプションを使って別の立体配座を生成する：

結果の分子は異なる配座エネルギーを持つ：

MoleculePlotを使って分子を2Dで見ると，炭素原子に付いた水素原子はデフォルトで隠される．オクタノールでは，デフォルトで，ヒドロキシル水素だけが表示される：

"ComputeAtomDiagramCoordinates"は表示されないこれらの水素を削除して明示的な水素だけを表示する：

これで，座標が分子式に保存された：

デフォルトで1つの水素しか表示されないので，返される分子には明示的な水素が1つある：

座標は分子プロットで使われているものと厳密に一致する：

デフォルトの水素，すべての水素，あるいは水素のない原子図座標を計算する：

"DeleteAtom"を使ってヘキサノールをヘキサンに変換する：

一致するEntityを求める：

原子が削除されると，削除された原子に結び付けられていた水素もまた削除され，重原子の満たされていない原子価は暗黙の水素で満たされる．ValenceErrorHandling->Falseを使ってこの動作を無効にし，不対電子を残すようにする：

非環結合を削除して非結合構造を作る：

環結合を削除する：

"XYZ"ファイルから構造をインポートし，MMFF力場を使ってエネルギーを最小にする：

配座エネルギーが低下したことを確認する：

新たな構造を古い構造と一緒に表示する：

たとえば，エネルギー地形の大部分をサンプリングするために，分子の形態の集合を持つことが望ましい場合がよくある．シクロヘキサンの100の配座異性体を生成する：

配座異性体には大きなエネルギーの広がりがある：

力場を使用して立体構造を最小化した後で，それらはエネルギー的に2つのグループに分類される：

これらのグループ化は，いわゆる「椅子」および「ツイストボート」立体配座に対応する．これらは，それぞれ，ポテンシャルエネルギー面上の最小値および極小値である．各グループから1つの配座異性体を選択し，3Dでプロットする：

デフォルトで，芳香族分子は非局所化された"Aromatic"結合タイプを持つ：

分子からすべての水素原子を削除する：

明示的な立体情報を分子から削除し，キラリティを未定義にする：

分子内の電子の並び順を変える：

分子中の特定の原子を別のタイプの原子で置換する．例えば，酢酸をチオ酢酸に変換する：

エストラジオールの脂肪族D環の水酸基をカルボニルで置換してエストロンを作る：

グリセロールの各メチルエーテルを作る：

局所化された単結合と二重結合を芳香結合に変更する：

D形グルコースをD形マンノースに変換する：

分子をインポートし，単一の原子の座標を設定する：

3つの原子間の角度を設定する：

複数の結合角度を設定する：

非結合原子には角度は設定できない：

環内の結合角度は設定できない：

結合された2つの原子間の距離を設定する：

自然のE-桂皮アルデヒドをZ形式に変換する：

フェニルアラニンの両性イオンを作る：

質量数を13に設定することで，メバロノラクトンのC-2に ¹³Cでラベルを付ける：

AtomListを使ってラベルが付いた炭素を求める：

質量数を2に設定することで，メバロノラクトンの5-pro-S水素に重水素のラベルを付ける：

多くの場合，研究室ではサンプルやノートに化合物番号システムを使用する．これらの識別番号は，内部レポート，研究論文，特許を書く際に化学者によって使用される．この種のデータを保存する際は，分子のメタ情報を使用する．

分子にメタデータを加える：

この特性に実験的なデータを保存する：

空の連想を使ってメタデータを削除する：

分子の幾何学的形状を，例えば内部水素結合のような，望ましい立体配座に設定する：

水に変更を加えてヒドロキシルラジカルを作る：

座標を空間で平行異動して分子のコピーを作る：

ReflectionTransformを使って分子の鏡像体を作る：