文字列,ベクトル,あるいは生物学的配列 u と v の間のSmith–Waterman類似度を表す数を返す.


SmithWatermanSimilarity
文字列,ベクトル,あるいは生物学的配列 u と v の間のSmith–Waterman類似度を表す数を返す.
詳細とオプション

- SmithWatermanSimilarity[u,v]は要素 u と要素 v の間の最適な局所的並べ方を求め,1要素マッチの数を返す.
- 文字列の場合,IgnoreCase->Trueと設定すると,SmithWatermanSimilarityは大文字小文字の違いを無視する.
- デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは,2文字間の各マッチで全体の類似度スコアに1加えられ,ミスマッチ,挿入,削除があるとそれぞれ-1が加えられる.
- オプションのGapPenaltyで,一続きの挿入や削除の際に類似度スコアから差し引くその他の費用が指定される.
関連するガイド
-
▪
- 距離と類似度の測定基準 ▪
- 生体分子配列 ▪
- 配列アラインメントと比較 ▪
- 科学的データ解析 ▪
- 生命科学と医学のデータと計算
テキスト
Wolfram Research (2008), SmithWatermanSimilarity, Wolfram言語関数, https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html (2020年に更新).
CMS
Wolfram Language. 2008. "SmithWatermanSimilarity." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html.
APA
Wolfram Language. (2008). SmithWatermanSimilarity. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html
BibTeX
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BibLaTeX
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