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SmithWatermanSimilarity[u,v]

文字列，ベクトル，あるいは生物学的配列 u と v の間のSmith–Waterman類似度を表す数を返す．

詳細とオプション
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例題  
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GapPenalty  
IgnoreCase  
SimilarityRules  
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SmithWatermanSimilarity

SmithWatermanSimilarity[u,v]

文字列，ベクトル，あるいは生物学的配列 u と v の間のSmith–Waterman類似度を表す数を返す．

詳細とオプション

  • SmithWatermanSimilarity[u,v]は要素 u と要素 v の間の最適な局所的並べ方を求め，1要素マッチの数を返す．
  • 文字列の場合，IgnoreCase->Trueと設定すると，SmithWatermanSimilarityは大文字小文字の違いを無視する．
  • デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは，2文字間の各マッチで全体の類似度スコアに1加えられ，ミスマッチ，挿入，削除があるとそれぞれ-1が加えられる．
  • オプションのGapPenaltyで，一続きの挿入や削除の際に類似度スコアから差し引くその他の費用が指定される．
  • SmithWatermanSimilarityは次のオプションを取る．
  • GapPenalty 0各アライメントギャップの追加コスト
    IgnoreCase False文字列の大文字小文字を無視するかどうか
    SimilarityRules Automatic要素間の類似度についての規則

例題

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例  (3)

2つの文字列間のSmith–Waterman類似度：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "xxxxABCx", "yABCyyyy"]

2つのベクトル間のSmith–Waterman類似度：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[{0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0}, {1, 1, 1, 1}]

2つの生物学的配列間のSmith–Waterman類似度：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[BioSequence["DNA", "AGGTCCCAAAA"], BioSequence["DNA", "AGGTTCCAAT"]]

オプション  (4)

GapPenalty  (1)

GapPenaltyは，アクションの追加または削除について余分なペナルティを課す：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "ABCxDEF"]
Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "ABCxDEF", GapPenalty -> 1]

IgnoreCase  (1)

デフォルトで，大文字小文字は異なるものとして扱われる：

Wolfram Language code: {SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "abcdef"], SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "ABCDEF"]}

IgnoreCaseをTrueに設定すると，両者は同じものとして扱われる：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "abcdef", IgnoreCase -> True]

SimilarityRules  (2)

SimilarityRulesを使うことで，特定の文字のペア間のカスタム類似度スコアが定義できる：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "ABCOEF"]
Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[ "ABCDEF", "ABCOEF", SimilarityRules -> {{"D", "O"} -> 0.5}]

"SimilarDegenerateBases"の設定は，生体分子配列における縮退用語のマッチングにおいてより高い類似度を許容する：

Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[BioSequence["DNA", "AAATTCCAAANNTNCCAAAA"], BioSequence["DNA", "GGTTCC"]]
Wolfram Language code: SmithWatermanSimilarity[BioSequence["DNA", "AAATTCCAAANNTNCCAAAA"], BioSequence["DNA", "GGTTCC"], SimilarityRules -> "SimilarDegenerateBases"]
Wolfram Research (2008), SmithWatermanSimilarity, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html （2020年に更新）.

テキスト

Wolfram Research (2008), SmithWatermanSimilarity, Wolfram言語関数， https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html （2020年に更新）.

CMS

Wolfram Language. 2008. "SmithWatermanSimilarity." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html.

APA

Wolfram Language. (2008). SmithWatermanSimilarity. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/SmithWatermanSimilarity.html

BibTeX

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BibLaTeX

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