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Wolfram言語 ＆ システムドキュメントセンター

Graphlet (.gml)

  • ImportおよびExportはGraphlet GMLファイル形式を完全にサポートする．

予備知識

    • Graphlet GMLグラフデータ形式．
    • グラフの保管と交換に使われる．
    • GMLはGraph Modeling Languageの頭字語である．
    • Graphletグラフ編集ソフトウェアのネイティブ形式．
    • 属性付きの有向・無向グラフを保管する．
    • ユーザ定義のグラフ，辺，頂点属性を含むことができる．
    • ASCII形式．
    • 1995年に開発された．

ImportとExport

  • Import["file.gml"]は指定のファイルに保管された，単独のGraphオブジェクトとして与えられたグラフをインポートする．
  • Export["file.gml",expr]は1つのグラフの隣接行列または辺情報をGraphlet GML形式にエキスポートする．
  • Import["file.gml",elem]はGraphlet GMLファイルから指定の要素をインポートする．
  • Import["file.gml",{elem,suba,subb,…}]はサブ要素をインポートする．
  • Import["file.gml",{{elem1,elem2,…}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImport["file","Graphlet"]またはImport["file",{"Graphlet",elem,…}]で指定できる．
  • Export["file.gml",expr,elem]は expr が要素 elem を指定するものとして扱って，Graphlet GMLファイルを作成する．
  • Export["file.gml",{expr1,expr2,…},{{elem1,elem2,…}}]はそれぞれの expri が対応する elemi を指定するものとして扱う．
  • Export["file.gml",expr,opt1->val1,…]は指定されたオプションの要素が指定された値を取るものとして expr をエキスポートする．
  • Export["file.gml",{elem1->expr1,elem2->expr2,…},"Rules"]はエキスポートする要素を規則を使って指定する．
  • 一般的な情報は，以下の関数ページを参照のこと．
  • Import, Exportファイルからインポートする，あるいはファイルへエキスポートする
    CloudImport, CloudExportクラウドオブジェクトからインポートする，あるいはクラウドオブジェクトへエキスポートする
    ImportString, ExportString文字列からインポートする，あるいは文字列へエキスポートする
    ImportByteArray, ExportByteArrayバイト配列からインポートする，あるいはバイト配列へエキスポートする

要素

  • 一般的なImport 要素：
  • "Elements" ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Summary"ファイルの概要
    "Rules"使用可能なすべての要素の規則のリスト
  • データ表現要素：
  • "AdjacencyMatrix"辺情報（行列として与えられる）
    "EdgeAttributes"辺属性（規則のリストとして表示される）
    "EdgeRules"グラフの連結性データ（規則の配列として与えられる）
    "Graph"ファイルに保管されたグラフ（Graphオブジェクトとして与えられる）
    "GraphAttributes"グラフ属性（規則のリストとして表される）
    "Graphics"このファイルに保持されたグラフ（グラフプロットとして描画される）
    "VertexAttributes"頂点の属性（規則のリストとして表示される）
    "VertexCount"グラフの頂点の数
    "VertexList"文字列のリストとして与えられる頂点
  • ImportはGraphlet GMLからインポートする際に，デフォルトで"Graph"要素を使用する．

オプション

  • 一般的なImportオプション：
  • ImageSizeAutomaticグラフを表示する画像の全体的な大きさを指定する
  • GMLからインポートする際は，Graphがサポートするすべてのオプションを与えることができる．一般的な設定を示す：
  • EdgeLabelsAutomatic辺に対するラベルとラベルの配置
    EdgeWeightAutomatic辺の重み
    VertexCoordinatesAutomatic頂点に対する中心座標
    VertexLabelsAutomatic頂点に対するラベルとラベルの配置
    VertexShapeAutomatic頂点のグラフィックスの形状
  • "Graphics"としてインポートする際は，GraphPlotがサポートするすべてのオプションを与えることができる．一般的な設定は次の通りである：
  • DirectedEdgesAutomatic辺を有向矢印で示すかどうか
    EdgeLabelsAutomatic辺に与えられたラベルを含むかどうか
    EdgeShapeFunctionAutomatic辺に明示的なグラフィックスを与える関数
    VertexLabelsAutomatic頂点名をラベルとして示すかどうか
    VertexShapeFunctionAutomatic頂点に明示的なグラフィックスを与える関数
  • Exportオプション：
  • DirectedEdgesAutomaticエキスポートするデータが有向グラフを表すかどうか
  • 辺規則または対称隣接行列からエキスポートするとき，デフォルトでは辺は無向であるとされる．
  • Graphオブジェクトをエキスポートする際，Wolfram言語のグラフ属性値はしばしばCompressを使って文字列としてエキスポートされる．

例題

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例  (7)

Graphlet GMLからグラフをインポートし，Graphオブジェクトとして描画する：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/bigdipper.gml"]

頂点のリストと属性をインポートする：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/bigdipper.gml", {{"VertexList", "VertexAttributes"}}]

グラフプロットに頂点ラベルと鏃を示す：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/triangle.gml", VertexLabels -> "Name"]

GraphオブジェクトをGMLにエキスポートする：

Wolfram Language code: Export["graph.gml", PetersenGraph[5, 2]]

有向グラフを表す辺規則のリストをGMLにエキスポートする：

Wolfram Language code: Export["directed.gml", {1 -> 2, 1 -> 3, 1 -> 5, 2 -> 4, 2 -> 6, 3 -> 4, 3 -> 7, 4 -> 8, 5 -> 6, 5 -> 7, 6 -> 8, 7 -> 8}, DirectedEdges -> True]

上記例と同じグラフの非対称隣接行列をGMLにエキスポートする：

Wolfram Language code: Export["directed2.gml", {{0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0}, {0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0}, {0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1}, {0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}}, "Graphlet"]

Graphlet GMLグラフの隣接行列表現をMatrixPlotとして描画する：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/triangle.gml", "AdjacencyMatrix"]//MatrixPlot

スコープ  (5)

頂点ラベルとその属性が規則の形式を取るリストを構築する：

Wolfram Language code: MapThread[Rule, Import["ExampleData/triangle.gml", {"Graphlet", {"VertexList", "VertexAttributes"}}]]

Sparse6ファイルに保管されている最初のグラフをGraphlet GMLファイルに変換する：

Wolfram Language code: Export["sparse.gml", Import["ExampleData/sparse.s6", {"AdjacencyMatrix", 1}]]

辺規則，および辺とグラフの属性のリストからGraphlet GMLファイルを生成する：

Wolfram Language code: ExportString[{ "EdgeRules" -> {"A" -> "B", "B" -> "C", "C" -> "A"}, "GraphAttributes" -> {"comment" -> "Sample comment"}, "EdgeAttributes" -> { {"label" -> "Edge from node A to node B", "weight" -> "0.1"}, {"label" -> "Edge from node B to node C", "weight" -> "0.5"}, {"label" -> "Edge from node C to node A", "weight" -> "0.5"}} }, {"Graphlet", "Rules"}, DirectedEdges -> True]

隣接行列を頂点ラベルと属性と共にエキスポートする：

Wolfram Language code: ExportString[{ "AdjacencyMatrix" -> {{0, 1, 1}, {1, 0, 0}, {1, 0, 0}}, "VertexList" -> {"A", "B", "C"}, "VertexAttributes" -> {{"color" -> "red"}, {}, {"color" -> "blue"}} }, {"Graphlet", "Rules"}]

ラスタ画像をラベルとして持つGraphオブジェクトをエキスポートする：

Wolfram Language code: Export["rasterlabel.gml", Graph[{1 -> 2}, VertexLabels -> {2 -> Graphics[Rasterize[Sqrt[π]]]}]]