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Wolfram 语言与系统参考资料中心

CML (.cml)

背景

    • MIME 类型: chemical/x-cml
    • 化学标记语言，用于交换化学信息.
    • 代表任意数量的化合物.
    • XML 格式.
    • 存储原子坐标，化学键信息和元数据.

Import 与 Export

  • Import["file.cml"] 从 CML 文件中导入分子列表.
  • Export["file.cml",expr] 将一个分子或分子列表导出到 CML 文件.
  • Import["file.cml",elem] 从 CML 文件导入指定的元素.
  • 可用 Import["file","CML"] 或 Import["file",{"CML",elem,…}]指定导入格式.
  • Export["file.cml",mol] 从一个分子创建一个 CML 文件.
  • Export["file.cml",{mol1,mol2,…}] 从分子列表创建 CML 文件.
  • 请到以下参考页面了解完整的基本信息：
  • Import, Export从文件导入或导出到文件
    CloudImport, CloudExport从云对象导入或导出到云对象
    ImportString, ExportString从字符串导入或导出到字符串
    ImportByteArray, ExportByteArray从字节数组导入或导出到字节数组

参数

  • 通用 Import 参数：
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Summary"文件摘要
    "Rules"所有可用参数的规则列表
  • 数据参数：
  • "Molecule"分子模型的象征性表示
    "Molecule", n第 n 个分子的符号表示
    "Metadata"包含文件中元数据的 Association
    "Metadata", n第 n 个分子的元数据

选项

范例

打开所有单元 关闭所有单元

基本范例  (2)

显示 CML 文件中可用的 Import 参数：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/mols.cml", "Elements"]

从文件中导入所有分子：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/mols.cml"]

从文件中导入第二和第五个分子：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/mols.cml", {"Molecule", {2, 5}}]

导入此文件中第一个化合物的元信息：

Wolfram Language code: Import["ExampleData/mols.cml", {"Metadata", 1}]

将分子导出到 CML 文件：

Wolfram Language code: Export["test.cml", Molecule["1,2-Bis(1H-indol-3-yl)ethane-1,2-dione"]]
Wolfram Language code: Import[%]

Export Options  (2)

IncludeHydrogens  (1)

在默认设置为 IncludeHydrogensAutomatic 的情况下，如果氢原子明确存在于分子中，则氢原子将包含在输出文件中：

Wolfram Language code: mol = Molecule["CC(C)O"]
Wolfram Language code: ExportString[mol, "CML"]

指定在导出之前应添加明确的氢：

Wolfram Language code: ExportString[mol, "CML", IncludeHydrogens -> True]

"CoordinateDimension"  (1)

"CoordinateDimension" 选项可以采用值为 Automatic、2 或 3.

Wolfram Language code: mol = Molecule[Entity["Chemical", "Propane"]];

用二维坐标将分子导出到 CML：

Wolfram Language code: ExportString[mol, "CML", "CoordinateDimension" -> 2]

使用三维坐标将分子导出到 CML：

Wolfram Language code: ExportString[mol, "CML", "CoordinateDimension" -> 3]