"RCSBProteinDataBank" (サービス接続)

Wolfram言語を使ってRCSB Protein Data Bank APIに接続し，生体分子構造とその特性についての広範なデータを照会する．

接続と認証

ServiceConnect["RCSBProteinDataBank"]は，RCSB Protein Data Bank APIへの接続を作成する．それまでに保存された接続が見付かった場合には，その接続が使われる．それ以外の場合には，新しい認証リクエストが起動される．

リクエスト

ServiceExecute["RCSBProteinDataBank","request",params]は，パラメータ params を使ってRCSB Protein Data Bank APIにリクエストを送る．以下は可能なリクエストである．

生体分子構造

リクエスト：

"BioMolecule" — RCSB Protein Data BankからBioMolecule構造を取得する

パラメータ：
  • "PDBStructureID"NonePDB構造ID

    • データ

    リクエスト：

    "EntryData" — RCSB Protein Data Bankからの構造ファイルにある関連データをDatasetとして取得する

    パラメータ：
  • "PDBStructureID"NonePDB構造ID
    • リクエスト：

    "ChemicalComponentData" — RCSB Protein Data Bankに存在する残基に関する関連情報を取得する

    パラメータ：
  • "ComponentID"None残基の化学ID

    • PDB ID

    リクエスト：

    "TextSearch" — 簡単なテキストのクエリを使って関連するPDB IDをRCSB PDBから取得する

    パラメータ：
  • "Query"None検索クエリ
    "StartIndex"1出力構造の開始インデックス
    MaxItems10出力構造の総数
    • リクエスト：

    "SequenceSearch" — BioSequenceを使って関連するPDB IDをRCSB PDBから取得する

    パラメータ：
  • "BioSequence"None検索する配列
    "MinimumOverlapFraction"None2つの配列間の重複の最小割合
    "StartIndex"1出力構造の開始インデックス
    MaxItems10出力構造の総数
    • リクエスト：

    "SequenceMotifSearch" — 配列モチーフを検索することで関連するPDB IDをRCSB PDBから取得する

    パラメータ：
  • "Motif"None検索モチーフ．文字列またBioSequenceオブジェクト
    "PatternType"None入力モチーフタイプ
    "SequenceType"None配列モチーフタイプ
    "StartIndex"1出力構造の開始インデックス
    MaxItems10出力構造の総数

    • パラメータの詳細

    次は，リクエスト"SequenceMotifSearch"の"PatternType"の可能な値である．
  • "Simple"単純な式
    "Regex"正規表現
    "Prosite"Prosite式
    • 次は，リクエスト"SequenceMotifSearch"の"SequenceType"の可能な値である．
  • "Protein"タンパク質配列
    "DNA"DNA配列
    "RNA"RNA配列
    • リクエスト"SequenceMotifSearch"の"Motif"の値が配列の場合，"PatternType"によっては以下の慣習が使われる．
  • "X"タンパク質，DNAあるいはRNAの任意の1文字コード
    "{P}""P" ("Pro")以外の任意のアミノ酸
    "[ST]""S" ("Ser")または"T" ("Thr")のいずれか
    "X(2)""XX"に等しい
    "X(2,4)""XX"，"XXX"，"XXXX"のいずれか
    "C-{S}-C-X(2)-[LIVMYFWC]""Prosite"形式の例
    "C{S}CXX[LIVMYFWC]""Regex"形式の例
    "CXCXXL""Simple"形式の例

    • 例題

    例  (7)

    新規接続を確立する：

    ExternalIdentifierを介してPDB IDを与えることでBioMoleculeオブジェクトを取得する：

    BioMoleculeを可視化する：

    構造ファイルのデータを取得する：

    RCSB PDBに存在する分子についての関連情報を取得する：

    簡単なテキストによるクエリを使ってRCSB PDBからの構造を検索する：

    構造の一つを可視化する：

    "StartIndex"およびMaxItemsパラメータから始まる指定された数の構造を取得する：

    BioSequenceを使ってRCSB PDBの構造を検索する：

    最初の構造のBioSequence：

    この配列を参照配列と並べる：

    上記リストのString要素は配列の共通部分である．出力のリスト要素は，不一致，挿入，削除のいずれかである．リストの最初の要素は最初の配列に対応し，2番目の要素は2番目の配列に対応する．配列がどの程度共通しているかを見てみる：

    2つの配列はほぼ99%重なっている．

    "BioSequence"は"RNA"または"DNA"でもよい：

    構造を可視化する：

    "DNA"配列を検索する：

    構造を可視化する：

    ジンクフィンガー配列のモチーフを含む構造を検索する：

    検索の最初の要素の構造を可視化する．亜鉛が紫になっている：

    "Motif"はBioSequenceも受容する：

    "DNA"モチーフや"RNA"モチーフも検索できる：

    検索の最初の要素の構造を可視化する：

    RNA配列モチーフについて検索する：

    検索の最初の要素の構造を可視化する：