Wolfram言語において行列操作は，数値的，記号的行列のどちらについても，自動的に効率的な多数のアルゴリズムにアクセスして行われる．Wolfram言語は密行列についても疎行列についても最新鋭アルゴリズムを使い，特に高精度の行列と記号行列については多くのパワフルな独自のアルゴリズムを取り入れる．

+，*，^，... — すべて自動的に要素単位で作用する

Dot (.) — 行列の積で，自動的に行および列ベクトルを扱う

Inverse — 逆行列（線形系にはLinearSolveを使う）

MatrixRank — 行列のランク

NullSpace — 行列の零空間にまたがるベクトル

RowReduce — 行簡約階段形

PseudoInverse — 正方行列または矩形行列の擬似逆行列

Transpose — 転置（はtrで入力する）

ConjugateTranspose — 共役転置（はctで入力する）

LowerTriangularize, UpperTriangularize — 行列の下三角または上三角を取り出す

Symmetrize — 行列の対称，反対称等の部分を見付ける

Diagonal — 対角線上の要素のリストを取得する

Tr — トレース

Det — 行列式

Norm — 演算子ノルム， p-ノルム，フロベニウスノルム

Adjugate — 余因子行列

Minors — 小行列式

Permanent — 永久式

KroneckerProduct — 行列の直接積（外積）

MatrixPower — 数値行列または記号行列の累乗

MatrixExp— 指数行列

MatrixLog — 行列の対数

MatrixFunction — 一般的な行列関数

Eigenvalues，Eigenvectors — 厳密な，あるいは近似の固有値，固有ベクトル

Eigensystem — 固有値と固有ベクトルの両方

CharacteristicPolynomial — 記号固有多項式