Molecule

Molecule[{atom1,atom2,…},{bond1,bond2,…}]

表示由原子 atomi 和化学键 bondi 构成的分子.

Molecule[name]

给出与输入 name 对应的分子.

更多信息和选项

  • Molecule 始终会被转换为优化的表示形式，并被 AtomQ 之类的函数视为原始数据，并用于模式匹配.
  • name 可为以下形式：
  • "identifier"系统性化学名称、SMILES 或 InChI 字符串
    Entity["Chemical",entity]化学实体
    ExternalIdentifier[type,id]给定 type 的外部标识符
    BioSequence[type,seq]给定 type 的生物分子序列
    BioMolecule[…]一个分子
  • 对于 Molecule[ExternalIdentifier[type, id]]，type 可为 "PubChemCompoundID"、"PubChemSubstanceID"、"InChI" 或 "ChEMBLID".
  • 根据 ExternalIdentifier 创建分子要求有网络连接，以便使用外部服务获取结构信息.
  • 对于 Molecule[BioSequence[type,seq]]，type 可为 "DNA"、"RNA"、"Peptide"、"CircularDNA"、"CircularRNA"、"CircularPeptide" 或 "HybridStrand" 之一.
  • 可用以下形式指定原子：
  • "sym"符号为 "sym"（如 "C"、"Cl"）的原子
    Entity["Element",element]给定元素的原子
    Entity["Isotope",isotope]指定同位素的原子
    Atom[elemspec,"prop""val",…]指定属性的原子
  • 可用 Bond[{id1,id2},type] 输入化学键，其中 idi 为原子序号，type 为 "Single"、"Double"、"Triple" 或 "Aromatic".
  • 如果氢原子的存在可以从出现的原子的化合价和键推断出来，则可以从原子列表中省略氢原子.
  • 可能的选项包括：
  • AtomCoordinatesAutomatic三维坐标
    IncludeAromaticBondsTrue是否将化学键标为 "Aromatic"
    MetaInformation<||>用户提供数据的关联
    StereochemistryElements None指定立体化学排列的列表
    AtomDiagramCoordinatesAutomatic二维坐标
    ValenceFilling Automatic是否用氢填充未满的化合价
  • 只有当 mol 对应于有效的分子表达式时，MoleculeQ[mol] 才给出 True.
  • Graph[Molecule[…]] 返回一个 Graph 对象.
  • 可通过 mol["property"] 访问分子的属性值，其与指令 MoleculeValue[mol,"property"] 等效.

范例

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基本范例  (4)

根据原子和键的列表产生分子：

根据化学 Entity 产生分子：

根据 SMILES 字符串产生 Molecule：

根据系统性化学名称创建分子：

范围  (2)

Molecule 可以解析许多化学名称，阅读并理解化学名称方方面面的信息：

每个名称创建的都是一样的分子：

在原子列表中使用 "Element" 和 "Isotope" 实体：

原子列表已转换为标准形式：

选项  (5)

IncludeHydrogens  (2)

根据带有隐式氢 SMILES 字符串创建一个 Molecule：

将 IncludeHydrogens 设为 All 将会把所有氢原子变为显式的：

这两个表达式表示同样的分子，返回同样的属性值：

但是它们内存占用量不同：

创建一个包含显式和隐式氢原子的分子：

"SMILES" 属性将含有显示氢：

但 "CanonicalSMILES" 属性则不会：

StereochemistryElements  (2)

产生具有所定义的立体中心的分子：

给出它的绝对立体构型：

创建它的对映体：

给出它的绝对立体构型：

创建一个在双键周围有所定义几何结构的分子：

接下来，创建它的几何异构体：

几何结构反映在 SMILES 和 InChI 标识中：

ValenceFilling  (1)

默认情况下，用氢原子填充空的化合价：

用 ValenceFillingNone 禁止填充化合价：

属性和关系  (1)

根据 Molecule 创建一个 Graph：

用 AnnotationValue 从图获取原子信息：

可能存在的问题  (2)

可将氢原子从原子列表中省略，可从常见原子价推断得出：

每个碳原子：

化学式不足以确定分子结构：

先用 Interpreter 找出合适的 "Chemical" 实体：

巧妙范例  (2)

可直观且简单地从包含特定亚结构或官能团的分子中选出一组分子. 用 实体类创建分子列表：

使用 SMARTS 模式选择那些也是二芳基醚的酮：

生成二维结构图，突出显示二芳基醚官能团：

用同一分子的不同别名创建 WordCloud，并显示该分子的结构图：

Wolfram Research (2019)，Molecule，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/Molecule.html （更新于 2020 年）.

文本

Wolfram Research (2019)，Molecule，Wolfram 语言函数，https://reference.wolfram.com/language/ref/Molecule.html （更新于 2020 年）.

CMS

Wolfram 语言. 2019. "Molecule." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. 最新版本 2020. https://reference.wolfram.com/language/ref/Molecule.html.

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Wolfram 语言. (2019). Molecule. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/Molecule.html 年

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